ExpandData(CNVtools)
ExpandData()所属R语言包:CNVtools
Expands a CNV input data frame for the maximum likelihood routines
扩展1 CNV的输入数据框的最大似然例程
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function should be invisible to most users. The methods within CNV.fitModel require that the CNV data is expanded N times where N is the number of copies. This allows the use of Generalized Linear Models (GLM) in constraining the Gaussian mixture component locations and spreads to be functions of the copy number.
这个函数应该是大多数用户不可见。内CNV.fitModel的方法要求,CNV数据扩大N倍,其中N是份数。这允许使用广义线性模型(GLM)在限制高斯混合组件的位置和利差是拷贝数的功能。
用法----------Usage----------
ExpandData(batch, trait, names, signal, ncomp, association.strata = NULL)
参数----------Arguments----------
参数:batch
List of vectors, one vector per batch in the data. Because each element in the list corresponds to a batch, each element should be a vector with a unique values repeated as many times as the number of data point in the batch.
向量的名单,每一批数据的向量。因为列表中的每个元素对应一个批次,批次中的数据点的数量多次重复一个独特的价值,每个元素应该有一个向量。
参数:trait
List of vectors, one vector per batch in the data. Each element of the list can be either a vector of quantitative traits or a vector of 0 and 1 in a case/control framework
向量的名单,每一批数据的向量。列表中的每个元素可以是一个向量的数量性状,或为0的向量和案例/控制框架1
参数:names
List of vectors, one vector per batch in the data containing names for each data point, typically individual IDs.
向量的名单,每一个批次中的每个数据点,通常个人的ID名称的数据向量。
参数:signal
List, one vector per batch in the data.
名单,每一批数据的向量。
参数:ncomp
Integer, number of components one wants to fit to the data
整数的组成部分之一的数量要适应数据
参数:association.strata
Optional, a factor vector containing the strata when using a stratified test of association.
可选的,一个因素向量的地层时,采用分层测试的协会。
值----------Value----------
An expanded data frame needed for CNVfit.binary.
为CNVfit.binary需要一个扩展数据框。
作者(S)----------Author(s)----------
Vincent Plagnol <a href="mailto:vincent.plagnol@cimr.cam.ac.uk">vincent.plagnol@cimr.cam.ac.uk</a> and Chris Barnes <a href="mailto:christopher.barnes@imperial.ac.uk">christopher.barnes@imperial.ac.uk</a>
参见----------See Also----------
CNVtest.binary
CNVtest.binary
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