summarizeFarmsVariational(cn.farms)
summarizeFarmsVariational()所属R语言包：cn.farms
Summarization variational Laplacian approach
综述变拉普拉斯算子方法
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function runs the FARMS algorithm.
此功能运行的农场算法。
用法----------Usage----------
summarizeFarmsVariational(probes, weight = 0.15, mu = 0,
cyc = 10, weightType = "median", init = 0.6,
correction = 0, minNoise = 0.35,
spuriousCorrelation = 0.3, centering = "median")
参数----------Arguments----------
参数：probes
A matrix with numeric values.
一个数值矩阵。
参数：weight
Hyperparameter value in the range of [0,1] which determines the influence of the prior.
hyperparameter值在[0,1]决定之前影响的范围内。
参数：mu
Hyperparameter value which allows to quantify different aspects of potential prior knowledge. Values near zero assumes that most genes do not contain a signal, and introduces a bias for loading matrix elements near zero. Default value is 0.
hyperparameter值可以量化潜在的先验知识的不同方面。接近于零的假设大多数基因不包含一个信号，并引入了装载接近零的矩阵元素的偏见。默认值是0。
参数：cyc
Number of cycles for the EM algorithm.
EM算法的周期数。
参数：weightType
Flag, that is used to summarize the loading matrix. The default value is set to mean.
标志，用来总结载荷矩阵。设置默认值的意思。
参数：init
Parameter for estimation.
参数估计。
参数：correction
Value that indicates whether the covariance matrix should be corrected for negative eigenvalues which might emerge from the non-negative correlation constraints or not. Default = O (means that no correction is done), 1 (minimal noise (0.0001) is added to the diagonal elements of the covariance matrix to force positive definiteness), 2 (Maximum Likelihood solution to compute the nearest positive definite matrix under the given non-negative correlation constraints of the covariance matrix)
值，指示是否应为负的特征值可能出现的非负相关的限制或不纠正的协方差矩阵。默认= O的（指不改正的，做的），1（噪音极小（0.0001）被添加到迫使正定协方差矩阵对角线元素），2（最大似然的解决方案，计算最近在给定的正定矩阵协方差矩阵的非负相关的限制）
参数：spuriousCorrelation
Numeric value for suppression of spurious correlation.
为抑制杂散相关的数值。
参数：minNoise
States the minimal noise. Default is 0.35.
国家的噪音极小。默认值是0.35。
参数：centering
States how the data is centered. Default is median.
国如何将数据集中。默认是中位数。
值----------Value----------
A list containing the results of the run.
一个列表，其中包含的运行结果。
作者（S）----------Author(s)----------
Djork-Arne Clevert <a href="mailto kko@clevert.de">okko@clevert.de</a> and Andreas
Mitterecker <a href="mailto:mitterecker@bioinf.jku.at">mitterecker@bioinf.jku.at</a>
举例----------Examples----------
x <- matrix(rnorm(100, 11), 20, 5)
summarizeFarmsVariational(x)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 15:32:28
