R语言 clstutils包 treeDists()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

treeDists(clstutils)
treeDists()所属R语言包：clstutils

                                         Provide objects for determining distances among nodes of a reference tree.  
                                         提供对象确定的参考树的节点之间的距离。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Provides objects (dists, paths) that can be used to calculate vectors of distances between an internal node and each leaf node. Also returns a square matrix of distances between leaf nodes.
提供的对象（dists目录路径），可以用来计算一个内部节点，每个叶子节点之间的距离向量。叶节点之间的距离也返回一个方阵。


用法----------Usage----------


treeDists(placefile, distfile)



参数----------Arguments----------

参数：placefile
path to pplacer output
pplacer输出路径


参数：distfile
path to output of guppy distmat
路径输出guppy distmat


Details

详情----------Details----------

A placement on an edge looks like this:
一个边缘的位置，看起来像这样：


值----------Value----------

A list with the following elements:
具有下列内容的列表：


参数：dists
rectangular matrix of distances with rows corresponding to all nodes in pplacer order, and columns corresponding to tips in the order of the corresponding phylo{ape} object.
在pplacer为了所有节点的相应行的距离，和相应的提示，在相应的phylo{ape}对象的顺序列的长方形矩阵。


参数：paths
rectangular matrix in the same configuration as dists with values of 1 or -1 if the path between nodes is serial or parallel, respectively (see Details)
在相同配置的长方形矩阵dists值1或-1，如果节点之间的路径是串行或并行，分别为（见详情）


参数：dmat
square matrix containing distances between pairs of tips.
方阵包含提示对之间的距离。


注意----------Note----------

The output of this function is required for classifyPlacements.
这个函数的输出需要classifyPlacements。


作者（S）----------Author(s)----------



Noah Hoffman




参考文献----------References----------

http://matsen.fhcrc.org/pplacer/

参见----------See Also----------

classifyPlacements  
classifyPlacements


举例----------Examples----------



placefile <- system.file('extdata','merged.json', package='clstutils')
distfile <- system.file('extdata','merged.distmat.bz2', package='clstutils')
treedists <- treeDists(placefile, distfile)

## coordinates of a single placement[＃坐标单一安置]
placetab <- data.frame(at=49, edge=5.14909e-07, branch=5.14909e-07)

## dvects is a matrix in which each row corresponds to a vector of[＃dvects是一个矩阵中每一行对应的向量]
## distances between a single placement along the edge of the reference[＃沿边缘的参考位置之间的距离]
## tree used to generate 'distfile', and each column correspons to a[＃树，用来生成“的distfile”，每一列correspons到]
## reference sequence (ie, a terminal node).[＃参考序列（即，终端节点）。]

dvects <- with(placetab, {
treedists$dists[at+1,,drop=FALSE] + treedists$paths[at+1,,drop=FALSE]*edge + branch
})


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