windows下通过Rscript在命令行中执行R命令

genechip

在windows下使用Rscript：
进入cmd.exe下，将当前工作目录转到Rscript.exe所在目录下面，然后调用Rscript  **.R文件即可。但是所调用的.R文件必须是在R的工作目录下，也就是和Rscript.exe在同一个文件夹内(Rscript默认情况下是不保存工作空间的)。还可以将这些命令写成一个bat文件，然后将该文件放置在cmd.exe的工作目录下，直接在cmd.exe中输入该bat文件名即可运行。bat文件中包含了Rscript命令。
进入cmd.exe下，将当前工作目录转到Rscript.exe所在目录下面，直接输入R的命令，格式为：Rscript -e "x<-seq(0,10,2) " -e "x"或者使用格式如Rscript -e "a<-c(1,20,2);write(a,file='data.txt');"等来执行（各语句之间用“;”分隔开来）。
需要注意的是：如果执行命令Rscript -e "a<-c(1,20,2);write(a,file="data.txt");"（此处均为双引号）将数据写入到一个文件中，会显示说找不到对象（指要写入的文件），如何解决？

这是因为在命令行下 -e 后面的命令需要用双引号，所以其中的语句就不能直接用双引号来表示字符串了。可以使用单引号，也可以通过反斜杠号来对双引号进行转义来解决（使用单引号和双引号均可，关键是要使得Rscript的引号和中间语句的引号区分开来即可）。另一种解决方法是将R命令保存成.R文件，然后通过Rscript调用。
画图时，并不直接显示出来图形！而是自动转换成了pdf格式，存在了Rscript的目录下。不管是画了多少个图形，都会保存在一个pdf文件中，分页来显示，pdf文件的名字为Rplots.pdf。如图：

    但是可以通过在R 语句中首先通过命令png或者bmp、jpeg首先限定一下图形文件的文件名及其类型。如上图示中的最后一条语句