求助：大家帮我分析分析我的思路对不对

小米仙人掌

大家好，本人最近在处理一组数据（实习生阶段）。以前在学校一直学的是R语言，可是从未用过SPSS。
最近实验室老师交待一组数据，让我自己处理，无奈第一步就卡壳了，因为没有用过R做过聚类分析，貌似花了两天，差点撞死在一条命令上，所以当下放弃转投了SPSS。

给定的数据有：88个湖泊地理位置，面积，湖水水质（例如总氮总磷等），有无渔业，有无调控；
                        65种水生植物，属于何种分类（例如沉水，挺水等），生物量，密度，覆盖率。。。
我自己的设想是，通过分析现有数据，一则可以评价一下该地区的生物多样性（物种丰富度啥的），二来希望能研究一下物种与环境梯度间的关系，看是否可以将现有分析结果结合实际或者植物学更加深入一点的内容提出一些类似生物保护方面的建议。
针对以上问题，我自己是这么设计分析步骤的:
                        
        第一步，对88个点位进行聚类分析，将比较相似的点位归入一个组。
        第二步，将65个不同物种，根据各自有的形态学特征，生态学特征等，聚类分析，以此进行分类。
        第三步，将分类完的点位同分类完的植物物种进行分析，试图找出两者间的关系。
        最后，将第三步中比较明显相关的点位和物种单独拿出来进行分析，这时，不再关心分组与否，只研究全部的环境因子与物种间的关系。
        在这里，我不确定的是，是不是可以这么操作？ 然后，假设根据地理特征对点位进行分类和根据环境因素对点位进行分类，二者结果不同，我该怎么办。（ps--我还没有进行聚类分析，但是，对于经纬度，我要怎么进行聚类分析呢？）

biostatistic

如果你的数据非常大，可以用cluster 和treeview 进行聚类分析。效果好使

小米仙人掌

谢谢~
我现在好奇的是，需不需要先对点位进行聚类分析。
之前看过一篇文献，是对点位进行了分析的，不过昨天和一个师兄聊了聊，师兄说我可以先对物种进行聚类分析，方便最后得到一些生物多样性指数（比方说功能多样性啥的），然后在根据每个物种所在的点做一些回归分析。
我自己曾经也那样想过，可是觉得处理起来会麻烦，所以想先对点位也进行一下聚类分析，然后再观察两者间的关系。
不知可行否？

zyfranklin

我觉得这么多数据可以用SOM神经网络了。

小米仙人掌

不好意思，那个SOM是什么，我没有接触过？
请问能说一下么？