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R语言 clippda包 sampleSize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 15:08:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
sampleSize(clippda)
sampleSize()所属R语言包:clippda

                                        A function for sample size calculations
                                         样本大小计算的函数

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This generic function sampleSize calculates the protein variance and the sample size required to estimate the clinically important differences (DIFF). The input data are the consensus parameters of peaks with medium biological variation.
这个泛型函数sampleSize计算估计临床上重要的差异所需的蛋白质变异和样本大小(DIFF)。输入数据的峰与媒介生物变异的共识参数。


用法----------Usage----------


sampleSize(Data,intraclasscorr,signifcut, ...)



参数----------Arguments----------

参数:Data
An object of aclinicalProteomicsData  class.  
aclinicalProteomicsData类的对象。


参数:intraclasscorr
An object of numeric  class. It is a known value of the intraclass correlation, or an estimate from a pilot data.  
numeric类的对象。它是一个内相关的已知值,或从试验数据估计。


参数:signifcut
An object of numeric  class.  It is significance threshold (usually, taken to be 0.05 in the analysis  of the protein profiling studies).  
numeric类的对象。这是意义阈值(通常情况下,采取的蛋白质谱的分析研究,为0.05)。


参数:...
Some methods for this generic function may take additional, optional arguments.  At present none do.
这个泛型函数的一些方法可能需要额外的可选参数。目前没有做。


Details

详情----------Details----------

The sample sizes are computed for various combinations of the power with  values beta=c(0.90,0.80,0.70) and the significance values, alpha = c(0.001, 0.01,0.05).  Note that here we use beta for power rather than the conventional 1-beta.
样本量的计算值beta=c(0.90,0.80,0.70)“的意义价值,alpha = c(0.001, 0.01,0.05)电源的各种组合。请注意,在这里我们使用权力beta,而不是传统的1-beta。


值----------Value----------


参数:protein_variance
consensus protein variance
共识蛋白变异


参数:replicate_correlation
consensus intraclass correlation
共识组内相关


参数:sample_size
the sample size required
所需的样本大小


作者(S)----------Author(s)----------



Stephen Nyangoma




参考文献----------References----------

Billingham LJ: Sample size calculations for planning clinical proteomic profiling studies using mass spectrometry.  Bioinformatics (Submitted)
expression in microarray experiments. Bioinformatics 2005, 21, 2067 - 75
in microarray experiments. Stat Appl Genet Mol Biol 2004, 3, 1, Article 3

举例----------Examples----------


########################################################################[################################################## #####################]
## SAMPLE SIZE[#样本大小]
#######################################################################[################################################## ####################]
#The function sampleSize calculates the biological variance, differences.[函数中的采样计算的生物差异,分歧。]
#These are the consensus values of peaks with median biological variation[这些峰的共识值与中位数的生物变异]
# It also gives sample sizes for beta=c(0.90,0.80,0.70) and alpha = c(0.001, 0.01,0.05)[这也给样本量为β= C(0.90,0.80,0.70)和α= C(0.001,0.01,0.05)]

####################################################################[################################################## #################]
####################################################################[################################################## #################]
####################################################################[################################################## #################]

intraclasscorr  <-  0.60 #cut-off for intraclass correlation[切断内相关]

signifcut <- 0.05      #significance cut-off[意义切断]

data(liverdata)

data(liver_pheno)

OBJECT=new("aclinicalProteomicsData")

OBJECT@rawSELDIdata=as.matrix(liverdata)
OBJECT@covariates=c("tumor" ,    "sex")
OBJECT@phenotypicData=as.matrix(liver_pheno)
OBJECT@variableClass=c('numeric','factor','factor')
OBJECT@no.peaks=53


sampleSize(OBJECT,intraclasscorr,signifcut)

####################################################################[################################################## #################]
####################################################################[################################################## #################]
####################################################################[################################################## #################]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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