sampleSize(clippda)
sampleSize()所属R语言包:clippda
A function for sample size calculations
样本大小计算的函数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This generic function sampleSize calculates the protein variance and the sample size required to estimate the clinically important differences (DIFF). The input data are the consensus parameters of peaks with medium biological variation.
这个泛型函数sampleSize计算估计临床上重要的差异所需的蛋白质变异和样本大小(DIFF)。输入数据的峰与媒介生物变异的共识参数。
用法----------Usage----------
sampleSize(Data,intraclasscorr,signifcut, ...)
参数----------Arguments----------
参数:Data
An object of aclinicalProteomicsData class.
aclinicalProteomicsData类的对象。
参数:intraclasscorr
An object of numeric class. It is a known value of the intraclass correlation, or an estimate from a pilot data.
numeric类的对象。它是一个内相关的已知值,或从试验数据估计。
参数:signifcut
An object of numeric class. It is significance threshold (usually, taken to be 0.05 in the analysis of the protein profiling studies).
numeric类的对象。这是意义阈值(通常情况下,采取的蛋白质谱的分析研究,为0.05)。
参数:...
Some methods for this generic function may take additional, optional arguments. At present none do.
这个泛型函数的一些方法可能需要额外的可选参数。目前没有做。
Details
详情----------Details----------
The sample sizes are computed for various combinations of the power with values beta=c(0.90,0.80,0.70) and the significance values, alpha = c(0.001, 0.01,0.05). Note that here we use beta for power rather than the conventional 1-beta.
样本量的计算值beta=c(0.90,0.80,0.70)“的意义价值,alpha = c(0.001, 0.01,0.05)电源的各种组合。请注意,在这里我们使用权力beta,而不是传统的1-beta。
值----------Value----------
参数:protein_variance
consensus protein variance
共识蛋白变异
参数:replicate_correlation
consensus intraclass correlation
共识组内相关
参数:sample_size
the sample size required
所需的样本大小
作者(S)----------Author(s)----------
Stephen Nyangoma
参考文献----------References----------
Billingham LJ: Sample size calculations for planning clinical proteomic profiling studies using mass spectrometry. Bioinformatics (Submitted)
expression in microarray experiments. Bioinformatics 2005, 21, 2067 - 75
in microarray experiments. Stat Appl Genet Mol Biol 2004, 3, 1, Article 3
举例----------Examples----------
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## SAMPLE SIZE[#样本大小]
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#The function sampleSize calculates the biological variance, differences.[函数中的采样计算的生物差异,分歧。]
#These are the consensus values of peaks with median biological variation[这些峰的共识值与中位数的生物变异]
# It also gives sample sizes for beta=c(0.90,0.80,0.70) and alpha = c(0.001, 0.01,0.05)[这也给样本量为β= C(0.90,0.80,0.70)和α= C(0.001,0.01,0.05)]
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intraclasscorr <- 0.60 #cut-off for intraclass correlation[切断内相关]
signifcut <- 0.05 #significance cut-off[意义切断]
data(liverdata)
data(liver_pheno)
OBJECT=new("aclinicalProteomicsData")
OBJECT@rawSELDIdata=as.matrix(liverdata)
OBJECT@covariates=c("tumor" , "sex")
OBJECT@phenotypicData=as.matrix(liver_pheno)
OBJECT@variableClass=c('numeric','factor','factor')
OBJECT@no.peaks=53
sampleSize(OBJECT,intraclasscorr,signifcut)
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