R语言 ChromHeatMap包 makeRangedDataList()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeRangedDataList(ChromHeatMap)
makeRangedDataList()所属R语言包：ChromHeatMap

                                         Plot expression data as tracks in the UCSC genome browser
                                         图表达数据在UCSC基因组浏览器的轨道

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a RangedDataList object suitable for uploading to the UCSC genome browser using the rtracklayer package.
创建一个适合上传到UCSC基因组浏览器使用rtracklayer包RangedDataList对象。


用法----------Usage----------


makeRangedDataList( data, chr, start = 1, end, genome, subset = NULL,
                    cytoband, plot=FALSE, session )



参数----------Arguments----------

参数：data
A ChrStrandData object, output from the makeChrStrandData function.
一个ChrStrandData对象从makeChrStrandData函数的输出。


参数：chr
Chromosomal id, chromosome to plot 1:22,X,Y.
图1:22染色体，X，Y染色体ID，


参数：start
Optional start chromosome position from which to commence plotting.
可选的启动染色体上的位置，从开始策划。


参数：end
Optional end chromosome position.
可选的染色体末端的位置。


参数：genome
The name of the genome from which the data coordinates are taken (e.g. "hg18"). Passed to GenomicData in the rtracklayer package.
从坐标数据（如“hg18”）的基因组的名称。传递给GenomicData在rtracklayer包。


参数：subset
Optional numeric vector listing the samples from data to plot.
可选的数字矢量列出从data图的样本。


参数：cytoband
Optional cytological band to plot (e.g. "q23").
可选的单元学带图（如“Q23”）。


参数：plot
An optional flag indicating whether to automatically plot the resulting RangedDataList on the UCSC browser or not.
一个可选的标志，指示是否自动绘制UCSC的浏览器或不RangedDataList。


参数：session
An optional rtracklayer UCSCSession object. Ignored unless plot=TRUE.
期的的可选rtracklayer UCSCSession对象。忽略，除非图=真。


Details

详情----------Details----------

This function is used to create RangedDataList objects from ChrStrandData objects (see the makeChrStrandData function). If the plot argument is set to TRUE, the data is also uploaded to a UCSC browser session using default settings. See the rtracklayer package for more information on RangedData and UCSCSession objects.
此功能用于创建ChrStrandData对象RangedDataList对象（见makeChrStrandData函数）。如果plot参数设置为TRUE，数据也被上传到UCSC浏览器会话中使用默认设置。看到更多对RangedData和UCSCSession对象的详细信息rtracklayer包。


值----------Value----------

A RangedDataList object containing the data for the specified genome region. See the rtracklayer package for more information on this object class.
一个RangedDataList对象，其中包含指定的基因组区域的数据。该对象类的更多信息，请参阅rtracklayer包。


作者（S）----------Author(s)----------


Tim F Rayner



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>makeChrStrandData</code>, <code>RangedDataList</code> <code>plotChrMap</code>,

举例----------Examples----------


data('demo')
r <- makeRangedDataList( data=chrdata, chr=22, cytoband='q11.23', genome='hg18' )

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