R语言 ChromHeatMap包 createChrMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

createChrMatrix(ChromHeatMap)
createChrMatrix()所属R语言包：ChromHeatMap

                                        Generate chromosome-based subset matrices from the mapped data
                                         基于染色体的子集矩阵生成的映射数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a data object from makeChrStrandData, generate a matrix containing a subset of the data from a given region of a given chromosome strand, with data binned at appropriate intervals along the chromosome. The minimum width of the binning interval is controlled using the "interval" argument, which can therefore be used to control the output resolution of the data.
给予了来自makeChrStrandData的数据对象，生成矩阵，从一个给定的染色体链的特定区域，在适当的时间间隔沿染色体的分级数据，包含的数据的一个子集。分级间隔的最小宽度控制使用“间隔”的说法，因此，可以用来控制数据的输出分辨率。


用法----------Usage----------


createChrMatrix(data, chr, strand = c('forward','reverse','both'), subset = NULL,
                start=1, end, interval=ceiling((end - start)/500))



参数----------Arguments----------

参数：data
A ChrStrandData object (e.g. generated by makeChrStrandData).
一个ChrStrandData对象（例如由makeChrStrandData产生）。


参数：chr
The name of the chromosome to plot.
名称图染色体。


参数：strand
The chromosome strand to plot ("both" indicates that both strands should be overlaid in a single heatmap).
染色体链图（“都”表示，两股应在一个单一的热图覆盖）。


参数：subset
An optional numeric vector indicating which samples should be plotted.
一个可选的数字表明样品应绘制向量。


参数：start
The starting chromosome coordinate from which to plot.
开始绘制染色体协调。


参数：end
The ending chromosome coordinate.
协调结束染色体。


参数：interval
The (optional) size of the data bins to use along the chromosome, in bases.
数据箱（可选）尺寸沿染色体中使用，在碱基。


Details

详情----------Details----------

Typically this function will not be called directly, but rather via the wrapper plotChrMap function.
此功能通常不会被直接调用，而是通过包装plotChrMap函数。

Note that this function may combine data from multiple probes or genes (taking the mean) into a single chromosomal locus based on the size of the specified interval. If this happens the combined probe/gene identifiers are concatenated in the output object, separated by a semicolon.
请注意，此功能可结合成一个单一的染色体位点的基础上指定的时间间隔的大小由多个探针或基因（取平均值）的数据。如果发生这种情况的联合探针/基因标识串联在输出对象，用分号隔开。


值----------Value----------

A ChrStrandMatrix object suitable for use with chrHeatMap and drawMapDendro.
一个ChrStrandMatrix对象适合chrHeatMap和drawMapDendro使用。


作者（S）----------Author(s)----------


Tim F Rayner



参见----------See Also----------

plotChrMap, chrHeatMap, drawMapDendro, ChrStrandMatrix-class, ChrStrandData-class
plotChrMap，chrHeatMap，drawMapDendro，ChrStrandMatrix-class，ChrStrandData-class


举例----------Examples----------


data('demo')
stranddata <- createChrMatrix( chrdata, chr=22, strand='forward', start=21925000, end=24300000 )

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。