R语言 ChromHeatMap包 ChrStrandData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ChrStrandData(ChromHeatMap)
ChrStrandData()所属R语言包：ChromHeatMap

                                         Class to contain data associated with chromosome coordinates across a whole genome.
                                         类包含横跨整个基因组的染色体坐标数据。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Container for data from high-throughput assays mapped to chromosome locations.
集装箱从高通量的检测数据映射到染色体上的位置。


创建对象----------Creating Objects----------

The most convenient way to create a ChrStrandData object is to use the makeChrStrandData function, which can be used to convert data stored in either an ExpressionSet or data frame into a ChrStrandData object:
最便捷的方式，创建一个ChrStrandData对象是使用makeChrStrandData功能，可用于转换ExpressionSet或ChrStrandData对象的数据框存储的数据：

makeChrStrandData(ALL, lib = "hgu95av2.db")
makeChrStrandData(ALL, lib = "hgu95av2.db")


插槽----------Slots----------




data a 'list', whose components correspond to samples in the same order as appearing in the columns of 'expr'. Each component is also a 'list', named by chromosomes "1"-"22", "X" and "Y". Each named component is again a 'list' with two elements named "posS" and "negS", corresponding to the forward and reverse strands of a chromosome, each of which is a list containing start coordinates ("x"), end coordinates("xe") and the
数据“列表”，其元件对应样品是expr列中出现的顺序相同。每个组成部分，也是“列表”，命名为染色体的“1” - “22”，“X”和“Y”型。每个命名的组件，其中每一个又是一个名为“POSS”和“negS”两个元素，对应染色体的正向和反向链的名单是一个列表，其中包含起始坐标（“X”），终点坐标（“XE”）和




lib A string giving the name of the annotation data package
lib的字符串标注的数据包名称




chrs The list of chromosomes represented in the object.
CHRS对象代表染色体。


方法----------Methods----------

Class-specific methods.
类的具体方法。




annotation(ChrStrandData) Returns the name of the
annotation(ChrStrandData)返回的名称




chrNames(ChrStrandData) Returns a list of the
chrNames(ChrStrandData)返回列表




sampleNames(ChrStrandData) Returns the names of the
sampleNames(ChrStrandData)返回的名称

Standard generic methods:
标准的通用方法：




show(ChrStrandData) Generates a short description of
show(ChrStrandData)生成一个简短的说明




summary(ChrStrandData) Generates a summary of the data
summary(ChrStrandData)生成的数据汇总


作者（S）----------Author(s)----------


Tim F Rayner



参见----------See Also----------

makeChrStrandData, ChrStrandMatrix-class.
makeChrStrandData，ChrStrandMatrix-class。


举例----------Examples----------


data('demo')
chrdata <- makeChrStrandData(exprs(ALLs.chr22), lib = "hgu95av2.db")

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