kaplan.plot(xpose4specific)
kaplan.plot()所属R语言包：xpose4specific
Kaplan-Meier plots of (repeated) time-to-event data
Kaplan-Meier曲线的时间对事件的数据（重复）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Kaplan-Meier plots of (repeated) time-to-event data. Includes VPCs.
Kaplan-Meier曲线（重复）的时间对事件的数据。包括室性早搏。
用法----------Usage----------
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",id="ID",
data=NULL,
evid="EVID",
by=NULL,
xlab="Time",
ylab="Survival (%)",
object=NULL,
events.to.plot="All",
sim.data=NULL,
sim.zip.file=NULL,
VPC = FALSE,
nsim.lab="simNumber",
sim.evct.lab="counter",
probs=c(0.025,0.975),
add.baseline=T,
add.last.area=T,
subset=NULL,
##subset.real=NULL,
main="Default",
main.sub="Default",
main.sub.cex = 0.8,
nbins=NULL,
real.type="l",
real.lty=1,
real.lwd=1,
real.col="blue",
real.se= if(!is.null(sim.data)) F else T,
real.se.type="l",
real.se.lty=2,
real.se.lwd=0.5,
real.se.col="red",
cens.type="l",
cens.lty=1,
cens.col="black",
cens.lwd=1,
inclZeroWRES=TRUE,
onlyfirst=FALSE,
samp=NULL,
poly.alpha=1,
poly.fill="lightgreen",
poly.line.col="darkgreen",
poly.lty=2,
censor.lines=TRUE,
ylim=c(-5,105),
cov = NULL,
cov.fun = "mean",
...)
参数----------Arguments----------
参数：x
The indenpendent variable.
变量的indenpendent。
参数：y
The dependent variable. event (>0) or no event (0).
因变量。事件（> 0）或没有事件（0）。
参数：id
The ID variable in the dataset.
ID变量的数据集。
参数：data
A dataset can be used instead of the data in an Xpose object. Must have the same form as an xpose data object xpdb@Data.
数据集可以用来代替在XPOSE对象的数据。作为XPOSE数据对象xpdb@Data必须具有相同的形式。
参数：evid
The EVID data item. If not present then all rows are considered events (can be censored or an event). Otherwise, EVID!=0 are dropped from the data set.
的EVID数据项。如果不存在，那么，所有的行被视为事件（可以审查或事件）。否则，EVID = 0被丢弃的数据集。
参数：by
A vector of conditioning variables.
的矢量调节变量。
参数：xlab
X-axis label
X轴标签
参数：ylab
Y-axis label
Y轴标签
参数：object
An Xpose object. Needed if no data is supplied.
对象的XPOSE。如果没有data提供。
参数：events.to.plot
Vector of events to be plotted. "All" means that all events are plotted.
向量的事件被绘制。 “all”表示所有事件都绘制。
参数：sim.data
The simulated data file. Should be a table file with one header row and have, at least, columns with headers coeesponding to x, y, id, by (if used), nsim.lab and sim.evct.lab.
模拟的数据文件。应该是一个标题行和表文件，至少，，头coeespondingx的列，y，id，by（如果使用），nsim.lab和sim.evct.lab。
参数：sim.zip.file
The sim.data can be in \.zip format and xpose will unzip the file before reading in the data. Must have the same structure as described above in sim.data.
sim.data可以在\。zip格式和XPOSE的解压缩的文件，然后读取的数据。必须具有相同的结构，如上述sim.data。
参数：VPC
TRUE or FALSE. If TRUE then Xpose will search for a zipped file with name paste("simtab",object@Runno,".zip",sep=""), for example "simtab42.zip".
TRUE或FALSE。如果TRUE然后XPOSE将寻找一个压缩文件与名称paste("simtab",object@Runno,".zip",sep="")，例如“simtab42.zip的”。
参数：nsim.lab
The column header for sim.data that contains the simulation number for that row in the data.
该行的数据的列标题sim.data，包含模拟数字。
参数：sim.evct.lab
The column header for sim.data that contains the individual event counter information. For each individual the event counter should increase by one for each event (or censored event) that occurs.
的列标题sim.data包含单独的事件计数器信息。对于每个单独的事件计数器应该增加一个（或封杀事件）发生的每个事件。
参数：probs
The probabilities (non-parametric percentiles) to use in computation of the prediciton intervals for the simulated dats.
的概率（非参数百分位数的），使用在计算模拟DATS的prediciton的时间间隔。
参数：add.baseline
Should a (x=0,y=1) baseline measurement be added to each individual in the dataset. Otherwise each plot will begin at the first event in the dataset.
如果（X = 0，Y = 1），基线测量被添加到每个人的数据集。否则，每个图将开始在数据集中的第一个事件。
参数：add.last.area
Should an area be added to the VPC extending the last PI?
应该被添加到的区域延伸的最后的PI的VPC？
参数：subset
The subset of the data and sim.data to use.
的子集的数据和sim.data的使用。
参数：main
The title of the plot. Can also be NULL or "Default".
标题的图。也可以是NULL或"Default"。
参数：main.sub
The title of the subplots. Must be a list, the same length as the number of subplots (actual graphs), or NULL or "Default".
标题的次要图。必须是一个列表，相同长度的数量的次要图（实际图表），或NULL或"Default"。
参数：main.sub.cex
The size of the title of the subplots.
的次要图的标题的大小。
参数：nbins
The number of bins to use in the VPC. If NULL, the the number of unique x values in sim.data is used.
箱的数目，使用中的VPC。如果NULL，独特的x值在sim.data使用。
参数：real.se
Should the standard errors of the real (non simulated) data be plotted? Calculated using survfit.
真正的（非模拟）数据的标准误差绘制？来计算survfit。
参数：real.se.type
Type for the standard errors.
输入为标准的错误。
参数：real.type
Type for the real data.
实际的数据类型。
参数：real.lwd
Line width (lwd) for the real data.
实际的数据线宽度（LWD）。
参数：real.lty
Line type (lty) for the curve of the original (or real) data.
线路类型（LTY）为曲线的原始数据（或实数）。
参数：real.col
Color for the curve of the original (or real) data.
曲线的原始数据（或实数）的颜色。
参数：real.se.lty
Line type (lty) for the standard error lines.
线路类型（LTY）的标准误差线。
参数：real.se.lwd
Line width (lwd) for the standard error lines.
（LWD）的标准误差线的线宽。
参数：real.se.col
Color for the standard error lines.
颜色为标准的错误行。
参数：cens.type
Type for the censored lines.
键入的审查线。
参数：cens.lty
Line type (lty) for the censored lines.
线路类型（LTY）的审查线。
参数：cens.col
Color for the censored lines.
颜色的审查线。
参数：cens.lwd
Line width for the censored lines.
截尾线的线宽。
参数：cov
The covariate in the dataset to plot instead of the survival curve.
协变量的数据集，而不是绘制生存曲线。
参数：cov.fun
The summary function for the covariate in the dataset to plot instead of the survival curve.
协的数据集，而不是生存曲线绘制的汇总函数。
参数：inclZeroWRES
Include WRES=0 rows from the real data set in the plots?
包括WRES = 0在图的真实数据集的行吗？
参数：onlyfirst
Include only the first measurement for the real data in the plots?
仅包括第一测量的图中的真实数据？
参数：samp
Simulated data in the xpose data object can be used as the "real" data. samp is a number selecting which simulated data set to use.
模拟的XPOSE数据对象中的数据可以被用作“真正的”数据。 samp是一个数字，选择哪一个模拟数据使用。
参数：poly.alpha
The tranparency of the VPC shaded region.
tranparency的VPC阴影区域。
参数：poly.fill
The fill color of the VPC shaded region.
VPC阴影区域的填充颜色。
参数：poly.line.col
The line colors for the VPC region.
该生产线颜色的VPC区域。
参数：poly.lty
The line type for the VPC region.
的VPC区域的行类型。
参数：censor.lines
Should censored observations be marked on the plot?
审查意见上标明的图吗？
参数：ylim
Limits for the y-axes
为y轴的限制
参数：...
Additional arguments passed to the function.
额外的参数传递给函数。
值----------Value----------
returns an object of class "xpose.multiple.plot".
返回一个对象类“xpose.multiple.plot”。
（作者）----------Author(s)----------
Andrew C. Hooker
参见----------See Also----------
survfit, Surv, xpose.multiple.plot.
survfit，Surv，xpose.multiple.plot。
实例----------Examples----------
## Not run: [＃不运行：]
library(xpose4)
## Read in the data[＃读取数据]
runno <- "57"
xpdb <- xpose.data(runno)
####################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
# here are the real data plots[这里是真正的数据图]
####################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb)
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,events.to.plot=c(1,2),by=c("DOSE==0","DOSE!=0"))
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,events.to.plot=c(1,2),by=c("DOSE==0","DOSE==10","DOSE==50","DOSE==200"))
## make a PDF of the plots[＃制作PDF的图]
pdf(file=paste("run",runno,"_kaplan.pdf",sep=""))
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,by=c("DOSE==0","DOSE==10","DOSE==50","DOSE==200"))
dev.off()
####################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
## VPC plots[＃VPC图]
####################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,VPC=T,events.to.plot=c(1))
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,VPC=T,events.to.plot=c(1,2,3),by=c("DOSE==0","DOSE!=0"))
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,VPC=T,events.to.plot=c(1),by=c("DOSE==0","DOSE==10","DOSE==50","DOSE==200"))
## make a PDF of all plots[＃制作PDF的所有图]
pdf(file=paste("run",runno,"_kaplan.pdf",sep=""))
kaplan.plot(x="TIME",y="DV",object=xpdb,VPC=T,by=c("DOSE==0","DOSE==10","DOSE==50","DOSE==200"))
dev.off()
## End(Not run)[＃（不执行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-10-2 07:21:16
