R语言 ChIPsim包 FeatureGenerators()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FeatureGenerators(ChIPsim)
FeatureGenerators()所属R语言包：ChIPsim

                                         Generating Features
                                         生成特征

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions are used to generate the parameters for different nucleosome positioning related features.
这些功能是用来产生不同的核小体定位相关的功能参数。


用法----------Usage----------


stableFeature(start, minDist = 175, weight = seq(0.1, 1, by = 0.1),
        shift = c(0, 5, 10), ratio = seq(0, 4, by = 0.25),
        stability = seq(0.1, 5, by = 0.1), weightProb, shiftProb,
        ratioProb, stabilityProb, ...)
phasedFeature(minDist = 175, length = seq(1000, 10000, by = minDist),
        meanDist = minDist:300, lengthProb, meanDistProb, start, ...)
fuzzyFeature(start, length = seq(1000, 10000, by = 1000),
        meanDist = 175:400, lengthProb, meanDistProb, ...)
nfrFeature(start, length = seq(50, 500, by = 10),
        weight = seq(0.1, 1, by = 0.1), lengthProb, weightProb, ...)



参数----------Arguments----------

参数：start
Start location of feature on chromosome.  
开始功能染色体上的位置。


参数：minDist
Minimum distance between nucleosomes.  
核小体之间的最小距离。


参数：length
A numeric vector giving possible values for the length of the feature.  
一个数字的向量功能的长度可能值。


参数：meanDist
A numeric vector giving possible values for the mean distance between nucleosomes.  
核小体之间的平均距离为可能值的一个数值向量。


参数：weight
A numeric vector giving possible values for the weight of the feature.  
一个数字的向量功能的重量可能值。


参数：shift
A numeric vector giving possible values for the distance between favoured positions of stable nucleosomes.  
一个数值向量给予最惠国待遇稳定核小体的位置之间的距离的可能值。


参数：ratio
A numeric vector giving possible values for the ratio between probabilities for  alternative and central position of stable nucleosomes.  
给予一个数值向量之间的替代和稳定核小体中央位置的概率比可能的值。


参数：stability
A numeric vector giving possible values for the stability of stable nucleosomes.  
一个数值向量，为稳定核小体的稳定性可能值。


参数：lengthProb
Length distribution of feature. This corresponds to the state duration distribution of the underlying generating model.  
长度分布特征。这相当于底层发电机模型的状态持续时间分布。


参数：meanDistProb
Distribution of mean distances between nucleosomes.  
核小体之间的平均距离的分布。


参数：weightProb
Distribution of feature weights.  
特征权重的分布。


参数：shiftProb
Distribution of distances between favoured positions of stable nucleosome.  
最惠国待遇的立场稳定的核小体之间的距离分布。


参数：ratioProb
Ratio distribution.  
比例分配。


参数：stabilityProb
Stability distribution.   
稳定的分布。


参数：...
Further arguments (currently ignored).  
（目前忽略）进一步论据。


值----------Value----------

A list of parameters for the corresponding feature type. These parameters are later used to compute nucleosome densities.
一个相应的功能类型的参数列表。以后，这些参数用来计算核小体的密度。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

simChIP
simChIP


举例----------Examples----------


feature <- stableFeature(200)

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注：
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