bindDens2readDens(ChIPsim)
bindDens2readDens()所属R语言包：ChIPsim
Convert a feature density into a read density
读取密度转换成一个功能密度
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given a feature density this function produces two read densities, one for each strand.
鉴于此功能的功能密度，产生两个读的密度，为每个股之一。
用法----------Usage----------
bindDens2readDens(bindDens, fragment, nfrag = 1e+05, bind = 147,
minLength = 150, maxLength = 180, ...)
参数----------Arguments----------
参数：bindDens
Numeric vector with the feature density for one chromosome.
数字矢量同一条染色体的功能密度。
参数：fragment
Function giving the fragment length distribution.
功能，给予片段长度分布。
参数：nfrag
Number of fragments that should be simulated to generate the read distribution.
数量应该是模拟生成只读分布的片段。
参数：bind
Length of binding site.
结合位点的长度。
参数：minLength
Minimum fragment length.
最小片段长度。
参数：maxLength
Maximum fragment length.
最大片段长度。
参数：...
Further arguments to fragment.
fragment进一步的论据。
值----------Value----------
A two column matrix. The first column contains the read density for the forward strand, the second column the read density for the reverse strand.
一个两列的矩阵。第一列包含只读向前链密度，第二列反向链的读取密度。
作者（S）----------Author(s)----------
Peter Humburg
参见----------See Also----------
feat2dens, sampleReads
feat2dens，sampleReads
举例----------Examples----------
set.seed(1)
## generate a (relatively short) sequence of nucleosome features[＃产生的核小体的功能（比较短）序列。]
features <- placeFeatures(start=200, length=1e5)
## calculate feature density[＃计算功能密度。]
featureDens <- feat2dens(features, length=1e5)
## convert to read density[＃转换读取密度]
readDens <- bindDens2readDens(featureDens, fragDens, meanLength=160)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 14:55:24
