R语言 ChIPseqR包 RLEReadCounts-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RLEReadCounts-class(ChIPseqR)
RLEReadCounts-class()所属R语言包：ChIPseqR

                                        Run-length Encoded Read Counts
                                         运行长度编码阅读计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class provides a memory efficient representation of strand specific read counts.
这个类提供了钢绞线的具体读计数的内存效率的代表性。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form ReadCounts(counts, names, compress = TRUE) or by calls to strandPileup.
可以创建形式ReadCounts(counts, names, compress = TRUE)或strandPileup检测的通话对象。


插槽----------Slots----------




counts: Object of class "list" with one component per chromosome,
counts："list"类对象与每个染色体的一个组成部分，


延伸----------Extends----------

Class "ReadCounts", directly.
类"ReadCounts"，直接。


方法----------Methods----------




chrLength signature(x = "RLEReadCounts"): Returns length of all chromosomes represented in x.
chrLengthsignature(x = "RLEReadCounts")：返回长度代表x的所有染色体。




decompress signature(x = "RLEReadCounts"): Expands read counts and returns object of class ReadCounts.
解压缩signature(x = "RLEReadCounts")：拓展阅读计数，并返回对象的类ReadCounts。




nreads signature(x = "RLEReadCounts"): Returns the number of reads on each chromosome, split by strand (if byStrand is TRUE)
nreadssignature(x = "RLEReadCounts")：返回读取每条染色体上的数量，由链分裂（如果byStrand是TRUE）




plot signature(x = "RLEReadCounts", y = "missing"): Generates plots of read counts.
图signature(x = "RLEReadCounts", y = "missing")：生成只读计数的图。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter Humburg



参见----------See Also----------

ReadCounts, RleList  
ReadCounts，RleList


举例----------Examples----------


showClass("RLEReadCounts")

## generate some very simple artificial read data[＃产生一些非常简单的人工读取数据。]
set.seed(1)
fwd <- sample(c(50:70, 250:270), 30, replace=TRUE)
rev <- sample(c(197:217, 347:417), 30, replace=TRUE)
## create data.frame with read positions as input to strandPileup[＃创建一个数据框读输入到strandPileup的位置]
reads <- data.frame(chromosome="chr1", position=c(fwd, rev),
        length=25, strand=factor(rep(c("+", "-"), times=c(30, 30))))

## create object of class ReadCounts[＃创建对象类ReadCounts]
readPile <- strandPileup(reads, chrLen=500, extend=1, plot=FALSE, compress=TRUE)

names(readPile)
length(readPile)
sapply(readPile, sum)

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