R语言 WGCNA包 verboseIplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

verboseIplot(WGCNA)
verboseIplot()所属R语言包：WGCNA

                                         Scatterplot with density
                                         散点图与密度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produce a scatterplot that shows density with color and is annotated by the correlation, MSE, and regression line.
产生的散点图显示的颜色和密度的相关性，MSE，和回归线注释。


用法----------Usage----------


verboseIplot(
             x, y,
             xlim = NA, ylim = NA,
             nBinsX = 150, nBinsY = 150,
             ztransf = function(x) {x}, gamma = 1,
             sample = NULL, corFnc = "cor", corOptions = "use = 'p'",
             main = "", xlab = NA, ylab = NA, cex = 1,
             cex.axis = 1.5, cex.lab = 1.5, cex.main = 1.5,
             abline = FALSE, abline.color = 1, abline.lty = 1,
             corLabel = corFnc, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
numerical vector to be plotted along the x axis.  
数值向量要绘制的沿x轴。


参数：y
numerical vector to be plotted along the y axis.  
数值向量要绘制沿y轴。


参数：xlim
define the range in x axis  
定义的范围在x轴


参数：ylim
define the range in y axis  
定义的范围内，在y轴


参数：nBinsX
number of bins along the x axis  
沿x轴的箱数


参数：nBinsY
number of bins along the y axis  
沿y轴的箱数


参数：ztransf
Function to transform the number of counts per pixel, which will be mapped by the function in colramp to well defined colors. The user has to make sure that the transformed density lies in the range [0,zmax], where zmax is any positive number (>=2).   
函数变换每个像素的计数的数目，这将在由在colramp功能定义的颜色映射。用户具有以确保转化密度在于在范围[0，ZMAX]，其中ZMAX为任意正数（> = 2）。


参数：gamma
color correction power   
色彩校正功率


参数：sample
either a number of points to be sampled or a vector of indices input x and y  for points to be plotted.  Useful when the input vectors are large and plotting all points is not practical.  
无论是进行采样点的数量或指标输入x和y点被绘制的向量。有用的，当输入矢量是大的，和绘制所有的点是不实际的。


参数：corFnc
character string giving the correlation function to annotate the plot.  
字符串的相关函数进行注释的图。


参数：corOptions
character string giving further options to the correlation function.  
字符串提供进一步的相关函数的选项。


参数：main
main title for the plot.  
主标题的图。


参数：xlab
label for the x-axis.  
标签的x轴。


参数：ylab
label for the y-axis.  
标签的y轴。


参数：cex
character expansion factor for plot annotations.  
图注释字符的膨胀系数。


参数：cex.axis
character expansion factor for axis annotations.  
轴注释字符的膨胀系数。


参数：cex.lab
character expansion factor for axis labels.  
字符膨胀系数轴标签。


参数：cex.main
character expansion factor for the main title.  
字符膨胀系数的主标题。


参数：abline
logical: should the linear regression fit line be plotted?  
逻辑：线性回归拟合线的绘制？


参数：abline.color
color specification for the fit line.  
拟合线的颜色规范。


参数：abline.lty
line type for the fit line.  
线类型的拟合线。


参数：corLabel
character string to be used as the label for the correlation value printed in the main title.  
字符串被用来作为印刷的相关值中的主标题的标签。


参数：...
other arguments to the function plot.  
其他参数的函数图。


Details

详细信息----------Details----------

Irrespective of the specified correlation function, the MSE is always calculated based on the residuals of a linear model.
无论指定的相关函数，MSE总是计算残差的线性模型的基础上的。


值----------Value----------

If sample above is given, the indices of the plotted points are returned invisibly.
如果上述示例中，返回的绘制点的指数不可见的。


注意----------Note----------

This funtion is based on verboseScatterplot (Steve Horvath and Peter Langfelder), iplot (Andreas Ruckstuhl, Rene Locher) and greenWhiteRed(Peter Langfelder )
这是基于verboseScatterplot（史蒂夫霍瓦特和彼得Langfelder），，，iplot（安德烈亚斯Ruckstuhl，刘若英洛赫尔）和“greenWhiteRed（彼得Langfelder FUNTION）


（作者）----------Author(s)----------



Chaochao Cai, Steve Horvath




参见----------See Also----------

image for more parameters
图像更多参数

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。