R语言 ChIPseqR包 getCutoff()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getCutoff(ChIPseqR)
getCutoff()所属R语言包：ChIPseqR

                                        Determine significance threshold for binding site scores
                                         决定意义的结合位点的分数阈值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a vector of observed binding site scores and a desired false discovery rate, this function returns the lowest score that should be considered significant to achieve the  given false discovery rate.
给定一个观察的结合位点的分数向量和一个虚假的发现率，此函数返回的最低得分应被视为实现提供虚假的发现率具有重要意义。


用法----------Usage----------


getCutoff(score, alpha = 0.05, tailCut = 0.95, adapt = FALSE, lambda, plot = TRUE, returnPval = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：score
Numeric vector with binding site scores.
数字向量的结合位点的分数。


参数：alpha
Desired false discovery rate.
所需虚假的发现率。


参数：tailCut
Truncation point used to exclude outliers when fitting the null distribution.
截断点用来排除离群时，空分布拟合。


参数：adapt
Logical indicating whether an adaptive false discovery rate should be used.
逻辑指示是否应使用一个自适应的错误发现率。


参数：lambda
If adapt is TRUE this is used in estimating the proportion of  scores that is unrelated to binding sites.
如果adapt是TRUE这是估计的分数比例是结合位点无关。


参数：plot
If this is TRUE (the default) a plot of the observed score distribution and estimated null distribution is generated.
如果这是TRUE（默认）观测到的得分分布和估计空分布图生成。


参数：returnPval
Indicates whether or not the corrected p-values for all scores should be returned.
指示与否纠正所有分数的P-值应退还。


值----------Value----------

A list with components
与组件列表


参数：cutoff
A numeric vector with the score and nominal false discovery rate corresponding to the determined cutoff.
与数字向量的得分和名义虚假的发现率，相应确定截止。


参数：h0
A numeric vector with the mean and standard deviation of the estimated null distribution.
与估计空分布的均值和标准差的数值向量。


参数：pvalue
If returnPval is TRUE, the p-values corresponding to the scores in score.  Note that all missing values are removed.
如果returnPval是TRUE，p值对应的分数在score。请注意，所有缺失值将被删除。


参数：pi0
If adapt is TRUE, the estimated proportion of scores not related to binding sites.
adapt如果是TRUE，估计比例不相关的结合位点的分数。


注意----------Note----------

This function is used by callBindingSites to determine the significance threshold for peak-calling.
此功能用于callBindingSites确定意义的阈值峰检测。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter Humburg



参考文献----------References----------

JD Storey, JE Taylor and D Siegmund. Strong control, conservative point estimation and simultaneous conservative consistency of false discovery rates: a unified approach. Journal of the Royal Statistical Society B, 66(1):187-205, 2004.

参见----------See Also----------

callBindingSites
callBindingSites

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