simulateDatExpr5Modules(WGCNA)
simulateDatExpr5Modules()所属R语言包：WGCNA
Simplified simulation of expression data
表达数据的简化模拟
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function provides a simplified interface to the expression data simulation, at the cost of considerably less flexibility.
此功能提供了一个简化的接口的表达数据的仿真，在相当少的灵活性的成本。
用法----------Usage----------
simulateDatExpr5Modules(
nGenes = 2000,
colorLabels = c("turquoise", "blue", "brown", "yellow", "green"),
simulateProportions = c(0.1, 0.08, 0.06, 0.04, 0.02),
MEturquoise, MEblue, MEbrown, MEyellow, MEgreen,
SDnoise = 1, backgroundCor = 0.3)
参数----------Arguments----------
参数：nGenes
total number of genes to be simulated.
总数的基因将被仿真的。
参数：colorLabels
labels for simulated modules.
模拟模块的标签。
参数：simulateProportions
a vector of length 5 giving proportions of the total number of genes to be placed in each individual module. The entries must be positive and sum to at most 1. If the sum is less than 1, the leftover genes will be simulated outside of modules.
的矢量长度为5的给基因被放置在每个单独的模块的总数的比例。参赛作品必须是积极的，最总和。如果总和小于1，则剩余的基因将是模块模拟外侧。
参数：MEturquoise
seed module eigengene for the first module.
为所述第一模块的种子模块eigengene的。
参数：MEblue
seed module eigengene for the second module.
所述第二模块的种子模块eigengene的。
参数：MEbrown
seed module eigengene for the third module.
种子的模块eigengene为第三个模块。
参数：MEyellow
seed module eigengene for the fourth module.
第四模块的种子模块eigengene的。
参数：MEgreen
seed module eigengene for the fifth module.
的第五模块种子模块eigengene的。
参数：SDnoise
level of noise to be added to the simulated expressions.
的噪声电平被添加到模拟表达式。
参数：backgroundCor
backgrond correlation. If non-zero, a component will be added to all genes such that the average correlation of otherwise unrelated genes will be backgroundCor.
对背景的相关性。如果不为零，组件将被添加到所有的基因的平均相关性的其他关联方关系的基因，将backgroundCor。
Details
详细信息----------Details----------
Roughly one-third of the genes are simulated with a negative correlation to their seed eigengene. See the functions simulateModule and simulateDatExpr for more details.
大约三分之一的基因进行了模拟与他们的后裔eigengene呈负相关。请参阅的功能simulateModule和simulateDatExpr的详细信息。
值----------Value----------
A list with the following components:
以下组件列表：
参数：datExpr
the simulated expression data in a data frame, with rows corresponding to samples and columns to genes.
模拟的表达数据的一个数据框中的行对应的样品和列的基因。
参数：truemodule
a vector with one entry per gene containing the simulated module membership.
一个向量，其每一个条目基因的模拟模块成员。
参数：datME
a data frame containing a copy of the input module eigengenes.
的数据框包含的输入模块的特征基因的副本。
（作者）----------Author(s)----------
Steve Horvath and Peter Langfelder
参见----------See Also----------
simulateModule for simulation of individual modules;
simulateModule各个模块的模拟;
simulateDatExpr for a more comprehensive data simulation interface.
simulateDatExpr更全面的数据模拟接口。
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发表于 2012-10-1 22:21:44
