R语言 WGCNA包 setCorrelationPreservation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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setCorrelationPreservation(WGCNA)
setCorrelationPreservation()所属R语言包：WGCNA

                                         Summary correlation preservation measure
                                         相关保全措施概要

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given consensus eigengenes, the function calculates the average correlation preservation pair-wise for all pairs of sets.
鉴于共识特征基因，该函数将计算的平均相关保护成对双套。


用法----------Usage----------


setCorrelationPreservation(multiME, setLabels, excludeGrey = TRUE, greyLabel = "grey", method = "absolute")



参数----------Arguments----------

参数：multiME
consensus module eigengenes in a multi-set format. A vector of lists with one list corresponding to each set. Each list must contain a component data that is a data frame whose columns are consensus module eigengenes.  
共识模块中的多组的格式的特征基因。一个列表，对应于各组的向量列表。每个列表都必须包含data这是一个数据框的列共识模块特征基因的一个组成部分。


参数：setLabels
names to be used for the sets represented in multiME.
名称被用于在multiME表示的集。


参数：excludeGrey
logical: exclude the 'grey' eigengene from preservation measure?
逻辑：排除“灰色”eigengene的保全措施？


参数：greyLabel
module label corresponding to the 'grey' module. Usually this will be the character string "grey" if the labels are colors, and the number 0 if the labels are numeric.
模块标签对应的“灰色”模块。通常这将是字符串"grey"，如果标签的颜色和数字0，如果标签数字。


参数：method
character string giving the correlation preservation measure to use. Recognized values are (unique abbreviations of) "absolute", "hyperbolic".  
字符的字符串，给出了相关保护措施，使用。可识别的值是（唯一的缩写）"absolute"，"hyperbolic"。


Details

详细信息----------Details----------

For each pair of sets, the function calculates the average preservation of correlation among the eigengenes. Two preservation measures are available, the abosolute preservation (high if the two correlations are similar and low if they are different), and the hyperbolically scaled preservation, which de-emphasizes preservation of low correlation values.
对于每个对集，函数计算特征基因之间的相关性的平均保存。两个保护措施的情况下，的abosolute保存（如果这两个相关性是相似的，低的，如果他们是不同的），和夸张规模的保护，强调保护的低相关值。


值----------Value----------

A data frame with each row and column corresponding to a set given in multiME, containing the pairwise average correlation preservation values. Names and rownames are set to entries of setLabels.
甲multiME，含有成对的平均相关保存值中的一组给定的对应于每个行和列的数据框。名称和行名被设置的条目的setLabels。


（作者）----------Author(s)----------


Peter Langfelder



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

multiSetMEs for module eigengene calculation;
multiSetMEs模块eigengene计算;

plotEigengeneNetworks for eigengene network visualization.
plotEigengeneNetworks，为eigengene网络可视化。

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