plotDendroAndColors(WGCNA)
plotDendroAndColors()所属R语言包：WGCNA
Dendrogram plot with color annotation of objects
用颜色标注的对象聚类图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function plots a hierarchical clustering dendrogram and color annotation(s) of objects in the dendrogram underneath.
此函数绘制一个层次聚类树状图和彩色注释（S）下的树状图的对象。
用法----------Usage----------
plotDendroAndColors(
dendro,
colors,
groupLabels = NULL,
rowText = NULL,
textPositions = NULL,
setLayout = TRUE,
autoColorHeight = TRUE,
colorHeight = 0.2,
rowWidths = NULL,
dendroLabels = NULL,
addGuide = FALSE, guideAll = FALSE,
guideCount = 50, guideHang = 0.2,
addTextGuide = FALSE,
cex.colorLabels = 0.8, cex.dendroLabels = 0.9,
cex.rowText = 0.8,
marAll = c(1, 5, 3, 1), saveMar = TRUE,
abHeight = NULL, abCol = "red", ...)
参数----------Arguments----------
参数：dendro
a hierarchical clustering dendrogram such as one produced by hclust.
分层聚类树状图，如一个公司生产的hclust。
参数：colors
Coloring of objects on the dendrogram. Either a vector (one color per object) or a matrix (can also be an array or a data frame) with each column giving one color per object. Each column will be plotted as a horizontal row of colors under the dendrogram.
着色聚类分析的对象。无论是矢量（每个对象的一种颜色）或与给每个对象的一种颜色的每列的矩阵（也可以是一个阵列或一个数据框）。每一列将被绘制根据树状图的颜色作为一个水平行。
参数：groupLabels
Labels for the colorings given in colors. The labels will be printed to the left of the color rows in the plot. If the argument is given, it must be a vector of length equal to the number of columns in colors. If not given, names(colors) will be used if available. If not, sequential numbers starting from 1 will be used.
标签的色素在colors。标签将被打印到的颜色的左侧列中的图。如果该参数被给定的，它必须是在colors的列数的长度等于一个向量。如果没有给出，names(colors)将（如果可用）。如果不是，从1开始的连续数字将被使用。
参数：rowText
Optional labels to identify colors in the color rows. If given, must be either the same dimensions as colors or must have the same number of rows and textPositions must be used to specify which columns of colors each column of rowText corresponds to. Each label that occurs will be displayed once, under the largest continuous block of the corresponding colors.
可选的标签，标识的颜色行的颜色。如果给出，则必须是相同的尺寸colors或必须具有相同的行数和textPositions必须被用来指定colorsrowText每一列的列对应。发生的每个标签，将被显示一次，根据最大的连续块的对应的colors。
参数：textPositions
optional numeric vector of the same length as the number of columns in rowText giving the color rows under which the text rows should appear.
可选的数字中的列数相同的长度的矢量rowText给予的颜色根据该行的文本行应该出现。
参数：setLayout
logical: should the plotting device be partitioned into a standard layout? If FALSE, the user is responsible for partitioning. The function expects two regions of the same width, the first one immediately above the second one.
逻辑：打印设备应该被划分为一个标准的布局？如果FALSE，用户是负责分割。该函数需要两个相同的宽度，在紧接第二个以上的第一个区域。
参数：autoColorHeight
logical: should the height of the color area below the dendrogram be automatically adjusted for the number of traits? Only effective if setLayout is TRUE.
逻辑：应低于树状图的色区域的高度的自动调整，性状的数量？只有有效的，如果setLayout是TRUE。
参数：colorHeight
specifies the height of the color area under dendrogram as a fraction of the height of the dendrogram area. Only effective when autoColorHeight above is FALSE.
指定的高度根据树形图的颜色区域的为树状图区域的高度的一小部分。只有有效的autoColorHeightFALSE以上是。
参数：rowWidths
optional specification of relative row widths for the color and text (if given) rows. Need not sum to 1.
相对的颜色和文本（如果有）行行距可选规格。需要不等于1。
参数：dendroLabels
dendrogram labels. Set to FALSE to disable dendrogram labels altogether; set to NULL to use row labels of datExpr.
树图的标签。 完全禁用树状图标签设置为FALSE使用行标签的NULL设置datExpr，。
参数：addGuide
logical: should vertical "guide lines" be added to the dendrogram plot? The lines make it easier to identify color codes with individual samples.
逻辑：应垂直“引导线”添加到树状图图？该行可以更容易地识别单个样品的颜色代码。
参数：guideAll
logical: add a guide line for every sample? Only effective for addGuide set TRUE.
符合逻辑的：每个样品中添加辅助线？仅有效的addGuide设置TRUE。
参数：guideCount
number of guide lines to be plotted. Only effective when addGuide is TRUE and guideAll is FALSE.
引导线的数量要绘制。只有有效的当addGuide是TRUE和guideAll是FALSE，。
参数：guideHang
fraction of the dendrogram height to leave between the top end of the guide line and the dendrogram merge height. If the guide lines overlap with dendrogram labels, increase guideHang to leave more space for the labels.
馏分的树形图的高度之间离开的引导线的上端和树状图合并高度。如果引导线重叠与树状图标签，增加guideHang的标签留出更多的空间。
参数：addTextGuide
logical: should guide lines be added for the text rows (if given)?
逻辑：应引导线添加文本行（如果有）？
参数：cex.colorLabels
character expansion factor for trait labels.
字符膨胀系数为特征的标签。
参数：cex.dendroLabels
character expansion factor for dendrogram (sample) labels.
字符膨胀系数聚类分析（样本）标签。
参数：cex.rowText
character expansion factor for text rows (if given).
文本行的字符膨胀系数（如果有）。
参数：marAll
a vector of length 4 giving the bottom, left, top and right margins of the combined plot. There is no margin between the dendrogram and the color plot underneath.
给一个矢量的长度为4的底部，左侧，顶部和右页边距合并后的图。树状图和彩色图下面有没有保证金。
参数：saveMar
logical: save margins setting before starting the plot and restore on exit?
逻辑：保存的页边距设置开始之前的图和恢复在退出？
参数：abHeight
optional specification of the height for a horizontal line in the dendrogram, see abline.
可选规范的树状图中的水平线的高度，请参阅abline。
参数：abCol
color for plotting the horizontal line.
颜色用于绘制水平线。
参数：...
other graphical parameters to plot.hclust.
其他图形参数到plot.hclust。
Details
详细信息----------Details----------
The function slits the plotting device into two regions, plots the given dendrogram in the upper region, then plots color rows in the region below the dendrogram.
成两个区域，描绘了给定的树状图的上部区域，然后绘制颜色树状图下面的区域中的行的打印设备的功能狭缝。
值----------Value----------
None.
无。
（作者）----------Author(s)----------
Peter Langfelder
参见----------See Also----------
plotColorUnderTree
plotColorUnderTree
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注：
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发表于 2012-10-1 21:21:44
