R语言 WGCNA包 plotClusterTreeSamples()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotClusterTreeSamples(WGCNA)
plotClusterTreeSamples()所属R语言包：WGCNA

                                         Annotated clustering dendrogram of microarray samples
                                         注释的芯片样品聚类的聚类分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function plots an annotated clustering dendorgram of microarray samples.
此功能绘制一个带注释的的聚类dendorgram的芯片样品。


用法----------Usage----------


plotClusterTreeSamples(
  datExpr,
  y = NULL,
  traitLabels = NULL,
  yLabels = NULL,
  main = if (is.null(y)) "Sample dendrogram" else "Sample dendrogram and trait indicator",
  setLayout = TRUE, autoColorHeight = TRUE, colorHeight = 0.3,
  dendroLabels = NULL,
  addGuide = FALSE, guideAll = TRUE,
  guideCount = NULL, guideHang = 0.2,
  cex.traitLabels = 0.8,
  cex.dendroLabels = 0.9,
  marAll = c(1, 5, 3, 1),
  saveMar = TRUE,
  abHeight = NULL, abCol = "red",
  ...)



参数----------Arguments----------

参数：datExpr
  a data frame containing expression data, with rows corresponding to samples and columns to genes. Missing values are allowed and will be ignored.  
含有一个数据框的行对应的样品和列的基因表达数据，。遗漏值是允许的，将被忽略。


参数：y
microarray sample trait. Either a vector with one entry per sample, or a matrix in which each column corresponds to a (different) trait and each row to a sample.  
微阵列样品的特征。无论是一个向量，其每一个条目的样品，或矩阵，其中每一列对应于一个（不同的）的性状和每行的样品。


参数：traitLabels
labels to be printed next to the color rows depicting sample traits. Defaults to column names of y.
要打印的标签旁边的颜色行描述样品性状。默认列名y。


参数：yLabels
Optional labels to identify colors in the row identifying the sample classes. If given, must be of the same dimensions as y. Each label that occurs will be displayed once.
可选的标签，以识别行识别的样本类的颜色。如果给出，则必须是相同的尺寸，y。发生的每个标签，将被显示一次。


参数：main
title for the plot.  
标题的图。


参数：setLayout
logical: should the plotting device be partitioned into a standard layout?  If FALSE, the user is responsible for partitioning. The function expects two regions of the same width, the first one immediately above the second one.  
逻辑：打印设备应该被划分为一个标准的布局？如果FALSE，用户是负责分割。该函数需要两个相同的宽度，在紧接第二个以上的第一个区域。


参数：autoColorHeight
logical: should the height of the color area below the dendrogram be automatically adjusted for the number of traits? Only effective if setLayout is TRUE.  
逻辑：应低于树状图的色区域的高度的自动调整，性状的数量？只有有效的，如果setLayout是TRUE。


参数：colorHeight
Specifies the height of the color area under dendrogram as a fraction of the height of the dendrogram area. Only effective when autoColorHeight above is FALSE.  
指定的高度根据树形图的颜色区域的为树状图区域的高度的一小部分。只有有效的autoColorHeightFALSE以上是。


参数：dendroLabels
dendrogram labels. Set to FALSE to disable dendrogram labels altogether; set to NULL to use row labels of datExpr.  
树图的标签。 完全禁用树状图标签设置为FALSE使用行标签的NULL设置datExpr，。


参数：addGuide
logical: should vertical "guide lines" be added to the dendrogram plot? The lines make it easier to identify color codes with individual samples.  
逻辑：应垂直“引导线”添加到树状图图？该行可以更容易地识别单个样品的颜色代码。


参数：guideAll
logical: add a guide line for every sample? Only effective for addGuide set TRUE.  
符合逻辑的：每个样品中添加辅助线？仅有效的addGuide设置TRUE。


参数：guideCount
number of guide lines to be plotted. Only effective when addGuide is TRUE and guideAll is FALSE.   
引导线的数量要绘制。只有有效的当addGuide是TRUE和guideAll是FALSE，。


参数：guideHang
fraction of the dendrogram height to leave between the top end of the guide line and the dendrogram merge height. If the guide lines overlap with dendrogram labels, increase guideHang to leave more space for the labels.  
馏分的树形图的高度之间离开的引导线的上端和树状图合并高度。如果引导线重叠与树状图标签，增加guideHang的标签留出更多的空间。


参数：cex.traitLabels
character expansion factor for trait labels.  
字符膨胀系数为特征的标签。


参数：cex.dendroLabels
character expansion factor for dendrogram (sample) labels.  
字符膨胀系数聚类分析（样本）标签。


参数：marAll
a 4-element vector giving the bottom, left, top and right margins around the combined plot. Note that this is not the same as setting the margins via a call to par, because the bottom margin of the dendrogram and the top margin of the color underneath are always zero.  
一个4元素的向量合并图的底部，左侧，顶部和右页边距左右。请注意，这是通过调用par设置页边距不一样的，因为树状图的底部边缘和上边距下的颜色始终是零。


参数：saveMar
logical: save margins setting before starting the plot and restore on exit?  
逻辑：保存的页边距设置开始之前的图和恢复在退出？


参数：abHeight
optional specification of the height for a horizontal line in the dendrogram, see abline.  
可选规范的树状图中的水平线的高度，请参阅abline。


参数：abCol
color for plotting the horizontal line.  
颜色用于绘制水平线。


参数：...
other graphical parameters to plot.hclust.  
其他图形参数到plot.hclust。


Details

详细信息----------Details----------

The function generates an average linkage hierarchical clustering dendrogram (see hclust) of samples from the given expression data, using Eclidean distance of samples. The dendrogram is plotted together with color annotation for the samples.
函数生成的平均连接分层聚类树状图（见hclust）的样本，从给定的表达式数据，使用Eclidean样本的距离。树状图的绘制用颜色标注的样品。

The trait y must be numeric. If y is integer, the colors will correspond to values. If y is continouos, it will be dichotomized to two classes, below and above median.
的特征y必须是数字。如果y是整数，将对应的颜色值。如果y是continouos，将二两个类，低于和高于中位数。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Steve Horvath and Peter Langfelder



参见----------See Also----------

dist, hclust, plotDendroAndColors
dist，hclust，plotDendroAndColors

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。