orderMEs(WGCNA)
orderMEs()所属R语言包：WGCNA
Put close eigenvectors next to each other
把接近特征向量彼此旁边
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Reorder given (eigen-)vectors such that similar ones (as measured by correlation) are next to each other.
重新排序给定的（特征）的向量，例如，类似的（如由相关性测量）是在彼此旁边。
用法----------Usage----------
orderMEs(MEs, greyLast = TRUE,
greyName = paste(moduleColor.getMEprefix(), "grey", sep=""),
orderBy = 1, order = NULL,
useSets = NULL, verbose = 0, indent = 0)
参数----------Arguments----------
参数：MEs
Module eigengenes in a multi-set format (see checkSets). A vector of lists, with each list corresponding to one dataset and the module eigengenes in the component data, that is MEs[[set]]$data[sample, module] is the expression of the eigengene of module module in sample sample in dataset set. The number of samples can be different between the sets, but the modules must be the same.
模块中的多组的格式的特征基因（见checkSets）。的列表，每个列表对应于一个数据集，在组件中的模块特征基因的向量data，MEs[[set]]$data[sample, module]是表达模块eigengenemodule样品中<X >sample在数据集。集合之间的样本的数目可以是不同的，但必须是相同的模块。
参数：greyLast
Normally the color grey is reserved for unassigned genes; hence the grey module is not a proper module and it is conventional to put it last. If this is not desired, set the parameter to FALSE.
通常情况下的颜色为灰色为未分配的基因被保留，因此灰色的模块是不正确的模块，它是传统的把它放在最后。如果这是没有需要，设置的参数FALSE。
参数：greyName
Name of the grey module eigengene.
名称的灰色模块eigengene的。
参数：orderBy
Specifies the set by which the eigengenes are to be ordered (in all other sets as well). Defaults to the first set in useSets (or the first set, if useSets is not given).
指定一组特征基因顺序如下：（在所有其他的组）。默认为第一套useSets（或第一组，useSets如果没有给出）。
参数：order
Allows the user to specify a custom ordering.
允许用户指定一个自定义排序。
参数：useSets
Allows the user to specify for which sets the eigengene ordering is to be performed.
允许用户指定的设置的eigengene顺序是要执行。
参数：verbose
Controls verbostity of printed progress messages. 0 means silent, nonzero verbose.
控制verbostity的印刷进度消息。 0表示沉默，非零详细。
参数：indent
A single non-negative integer controling indentation of printed messages. 0 means no indentation, each unit above zero adds two spaces.
一个单一的非负整数法控制缩进印刷信息。 0表示无压痕，各单位在零以上增加了两个空格。
Details
详细信息----------Details----------
Ordering module eigengenes is useful for plotting purposes. For this function the order can be specified explicitly, or a set can be given in which the correlations of the eigengenes will determine the order. For the latter, a hierarchical dendrogram is calculated and the order given by the dendrogram is used for the eigengenes in all other sets.
订购模块特征基因的图的目的是有用的。对于这个功能可以显式指定的顺序，或一组的特征基因的相关性，可以将确定的顺序。对于后者，一个分层树状图的计算和给定的顺序由树状图被用于在所有其他集的特征基因。
值----------Value----------
A vector of lists of the same type as MEs containing the re-ordered eigengenes.
MEs含有重新排序的特征基因的相同类型的向量的列表。
（作者）----------Author(s)----------
Peter Langfelder, <a href="mailto eter.Langfelder@gmail.com"> eter.Langfelder@gmail.com</a>
参见----------See Also----------
moduleEigengenes, multiSetMEs, consensusOrderMEs
moduleEigengenes，multiSetMEs，consensusOrderMEs
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发表于 2012-10-1 21:20:15
