R语言 WGCNA包 matrixToNetwork()函数中文帮助文档(中英文对照)

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matrixToNetwork(WGCNA)
matrixToNetwork()所属R语言包：WGCNA

                                         Construct a network from a matrix
                                         构建一个网络矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Constructs a network
构造网络


用法----------Usage----------


matrixToNetwork(
    mat,
    symmetrizeMethod = c("average", "min", "max"),
    signed = TRUE,
    min = NULL, max = NULL,
    power = 12,
    diagEntry = 1)



参数----------Arguments----------

参数：mat
matrix to be turned into a network. Must be square.  
矩阵被接通到一个网络。必须是方阵。


参数：symmetrizeMethod
method for symmetrizing the matrix. The method will be applied to each component of mat and its transpose.  
方法的对称矩阵。该方法将被施加到每个组件的垫和它的转置。


参数：signed
logical: should the resulting network be signed? Unsigned networks are constructed from abs(mat).  
逻辑：网络签名吗？未签名的网络构建abs(mat)。


参数：min
minimum allowed value for mat. If NULL, the actual attained minimum of mat will be used. Missing data are ignored. Values below min are truncated to min.  
最低允许值mat。如果NULL，实际达到最低mat将使用。丢失的数据将被忽略。值低于min会被截断成min。


参数：max
maximum allowed value for mat. If NULL, the actual attained maximum of mat will be used. Missing data are ignored. Values below max are truncated to max.  
最大允许值mat。如果NULL，实际达到最大mat将被使用。丢失的数据将被忽略。值低于max会被截断成max。


参数：power
the soft-thresholding power.  
软阈值的功率。


参数：diagEntry
the value of the entries on the diagonal in the result. This is usally 1 but some applications may require a zero (or even NA) diagonal.  
对角线上的结果中的条目的值。这就通常为1，但有些应用程序可能需要一个零（甚至NA）对角线。


Details

详细信息----------Details----------

If signed is FALSE, the matrix mat is first converted to its absolute value.
如果signed是FALSE，矩阵mat先被转换成它的绝对值。

This function then symmetrizes the matrix using the symmetrizeMethod component-wise on mat and t(mat) (i.e., the transpose of mat).
此功能对称矩阵使用symmetrizeMethod组件的明智mat和t(mat)（即转mat）。

In the next step, the symmetrized matrix is linearly scaled to the interval [0,1] using either min and max (each either supplied or determined from the matrix). Values outside of the [min, max] range are truncated to min or max.
在下一步骤中，对称化矩阵是线性缩放的的时间间隔[0,1]使用是min和max（每个提供或从矩阵确定）。 [MIN，MAX]范围以外的值将被截断min或max。

Lastly, the adjacency is calculated by rasing the matrix to power.  The diagonal of the result is set to diagEntry. Note that most WGCNA functions expect the diagonal of an adjacency matrix to be 1.
最后，邻接计算的筹款的矩阵power。对角线的结果设置为diagEntry。注意大多数WGCNA的功能期望的邻接矩阵的对角线为1。


值----------Value----------

The adjacency matrix that encodes the network.
邻接矩阵进行编码的网络。


（作者）----------Author(s)----------



Peter Langfelder




参见----------See Also----------

adjacency for calculation of a correlation network (adjacency) from a numeric matrix such as expression data
adjacency如从数字矩阵计算的相关网络（邻接）的表达数据

adjacency.fromSimilarity for simpler calculation of a network from a symmetric similarity matrix.
adjacency.fromSimilarity简单的计算对称相似矩阵的网络。

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