R语言 ChIPseqR包 ChIPseqR-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ChIPseqR-package(ChIPseqR)
ChIPseqR-package()所属R语言包：ChIPseqR

                                         Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data
                                         高通量测序数据蛋白质结合位点确定

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

ChIPseqR provides a set of functions for the analysis of ChIP-seq data. Protein binding sites are located by identifying a characteristic pattern of peaks in read counts on both DNA strands.  
ChIPseqR提供为SEQ芯片数据的分析，一组函数。蛋白结合位点位于通过识别在DNA链上都读计数的特征峰模式。


Details

详情----------Details----------

The easiest way to obtain binding site predictions for nucleosomes is to use simpleNucCall. This provides a simple interface to callBindingSites. This function operates on AlignedRead  objects and provides useful defaults for nucleosome analysis. Parameters can be adjusted to detect the presence of other  DNA binding proteins, e.g. transcription factors. If more fine control is desired the following steps will produce binding site  predictions:
获得核小体结合位点预测最简单的方法是使用simpleNucCall。这提供了一个简单的接口callBindingSites。此功能可在AlignedRead对象，核小体的分析，并提供有用的默认值。可以调整参数检测的DNA结合蛋白，如存在转录因子。如果需要更精细的控制，以下步骤会产生结合位点预测：




strandPileup: Turn mapped reads into read counts along the genome.
strandPileup：打开映射到基因组沿读取计数读取。




startScore: Score potential binding sites.
startScore：分数潜在结合位点。




getCutoff: Determine cutoff required to achieve desired false discovery rate.
getCutoff：确定需要，以达到预期的错误发现率截止。




pickPeak: Find all peaks in the binding site score that exceed the significance
pickPeak：查找所有峰在具有约束力的网站得分超过意义


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg

Maintainer: Peter Humburg &lteter.Humburg@well.ox.ac.uk>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

ShortRead
ShortRead


举例----------Examples----------


        ## See 'simpleNucCall' for examples of how to obtain nucleosome predictions. [＃如何获取核小体预测的例子simpleNucCall“。]

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