R语言 WGCNA包 exportNetworkToCytoscape()函数中文帮助文档(中英文对照)

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exportNetworkToCytoscape(WGCNA)
exportNetworkToCytoscape()所属R语言包：WGCNA

                                         Export network to Cytoscape
                                         出口网络Cytoscape的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function exports a network in edge and node list files in a format suitable for importing to Cytoscape.
此功能在网络的边缘节点列表中的文件格式适合导入到Cytoscape的出口。


用法----------Usage----------


exportNetworkToCytoscape(adjMat, edgeFile = NULL, nodeFile = NULL, weighted = TRUE, threshold = 0.5,
nodeNames = NULL, altNodeNames = NULL, nodeAttr = NULL, includeColNames = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：adjMat
adjacency matrix giving connection strengths among the nodes in the network.  
邻接矩阵给网络中的节点之间的连接强度。


参数：edgeFile
file name of the file to contain the edge information.  
文件名的文件包含的边缘信息。


参数：nodeFile
file name of the file to contain the node information.  
包含的节点信息的文件的文件名。


参数：weighted
logical: should the exported network be weighted?  
逻辑：要导出的网络进行加权吗？


参数：threshold
adjacency threshold for including edges in the output.   
包括在输出中的边缘邻接的阈值。


参数：nodeNames
names of the nodes. If not given, dimnames of adjMat will be used.  
节点的名称。如果没有给出，dimnamesadjMat将被使用。


参数：altNodeNames
optional alternate names for the nodes, for example gene names if nodes are labeled by probe IDs.   
可选的备用节点的名称，例如基因名称节点被标记的探针的ID。


参数：nodeAttr
optional node attribute, for example module color. Can be a vector or a data frame.  
可选的节点属性，例如模块的颜色。可以是一个向量或一个数据框。


参数：includeColNames
logical: should column names be included in the output files? Note that Cytoscape can read files both with and without column names.   
逻辑：应包含在输出文件中列名？请注意，Cytoscape的可以读取文件并没有列名。


Details

详细信息----------Details----------

If the corresponding file names are supplied, the edge and node data is written to the appropriate
如果供给对应的文件名，边缘和节点的数据被写入到适当的


值----------Value----------

A list with the following componens:
列表以下componens：


参数：egdeData
a data frame containing the edge data, with one row per edge
一个数据框包含的边缘数据，每边的一排


参数：nodeData
a data frame containing the node data, with one row per node
的数据框包含的节点的数据，用一排，每个节点


（作者）----------Author(s)----------


Peter Langfelder



参见----------See Also----------

exportNetworkToVisANT
exportNetworkToVisANT

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注：
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