collapseRowsUsingKME(WGCNA)
collapseRowsUsingKME()所属R语言包：WGCNA
Selects one representative row per group based on kME
每组中选择一个代表行的基础上KME
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function selects only the most informative probe for each gene in a kME table, only keeping the probe which has the highest kME with respect to any module in the module membership matrix. This function is a special case of the function collapseRows.
此功能仅选择最翔实KME表中的每个基因的探针，只有保持探针，它具有最高的KME相对于模块的隶属度矩阵中的任何模块。这个函数是一个特殊功能collapseRows箱子。
用法----------Usage----------
collapseRowsUsingKME(MM, Gin, Pin = NULL, kMEcols = 1:dim(MM)[2])
参数----------Arguments----------
参数：MM
A module membership (kME) table with at least a subset of the columns corresponding to kME values.
模块成员（KME）表至少KME值对应的列的子集。
参数：Gin
Genes labels in a 1 to 1 correspondence with the rows of MM.
基因中的标签1对1的对应的行的MM。
参数：Pin
If NULL (default), rownames of MM are assumed to be probe IDs. If entered, Pin must be the same length as Gin and correspond to probe IDs for MM.
如果为NULL（默认），行名的MM被认为是探测标识。如果输入引脚必须有相同的长度，杜松子酒和对应探测MM的ID。
参数：kMEcols
A numeric vector showing which columns in MM correspond to kME values. The default is all of them.
一个数字矢量MM列在对应的KME值。默认值是所有的人。
值----------Value----------
参数：datETcollapsed
A numeric matrix with the same columns as the input matrix MM, but with rows corresponding to the genes rather than the probes.
数值矩阵作为输入矩阵MM，但与行相应的基因，而不是在探针与相同的列。
参数：group2row
A matrix whose rows correspond to the unique gene labels and whose 2 columns report which gene label (first column called group) is represented by what probe (second column called selectedRowID)
A矩阵的行对应的独特的基因标签和其2列的报告，该报告基因的标签（称为组）的第一列表示的探针（第二列称为selectedRowID）
参数：selectedRow
A logical vector whose components are TRUE for probes selected as representatives and FALSE otherwise. It has the same length as the vector Pin.
一个逻辑向量，其组成成分为代表，否则返回FALSE选择的探针。它具有相同的长度作为矢量引脚。
（作者）----------Author(s)----------
Jeremy Miller
参见----------See Also----------
collapseRows
collapseRows
实例----------Examples----------
# Example: first simulate some data[例：第一个模拟的一些数据]
set.seed(100)
ME.A = sample(1:100,50); ME.B = sample(1:100,50)
ME.C = sample(1:100,50); ME.D = sample(1:100,50)
ME1 = data.frame(ME.A, ME.B, ME.C, ME.D)
simDatA = simulateDatExpr(ME1,1000,c(0.2,0.1,0.08,0.05,0.3), signed=TRUE)
simDatB = simulateDatExpr(ME1,1000,c(0.2,0.1,0.08,0.05,0.3), signed=TRUE)
Gin = c(colnames(simDatA$datExpr),colnames(simDatB$datExpr))
Pin = paste("Probe",1:length(Gin),sep=".")
datExpr = cbind(simDatA$datExpr, simDatB$datExpr)
MM = corAndPvalue(datExpr,ME1)$cor
# Now run the function and see some example output[现在运行的功能和一些示例输出]
results = collapseRowsUsingKME(MM, Gin, Pin)
head(results$MMcollapsed)
head(results$group2Row)
head(results$selectedRow)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-10-1 21:09:30
