R语言 ChIPpeakAnno包 GFF2RangedData()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

GFF2RangedData(ChIPpeakAnno)
GFF2RangedData()所属R语言包：ChIPpeakAnno

                                         convert GFF format to RangedData
                                         GFF格式转换到RangedData

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

convert GFF format to RangedData
GFF格式转换到RangedData


用法----------Usage----------


GFF2RangedData(data.GFF,header=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data.GFF
GFF format data frame, please refer to http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat#format3 for details  
GFF格式的数据框，详情请参阅http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat＃format3


参数：header
TRUE or FALSE, default to FALSE, indicates whether data.GFF file has GFF header  
TRUE或FALSE，默认为false，表示是否data.GFF文件头GFF


值----------Value----------

RangedData with slot start holding the start position of the feature, slot end holding the end position of the feature, slot names holding the id of the feature, slot space holding the chromosome location where the feature is located. In addition, the following variables are included.
与插槽RangedData开始持有的起始位置的功能，槽年底结束位置的功能，插槽名称持有ID的功能，插槽空间，持有该功能位于染色体上的位置。此外，包括下列变量。


参数：<code>strand</code>
1 for positive strand and -1 for negative strand where the feature is located.
正链和负链的功能位于-1 1。


注意----------Note----------

For converting the peakList in GFF format to RangedData before calling annotatePeakInBatch function
转换调用annotatePeakInBatch功能之前的GFF格式peakList RangedData


作者（S）----------Author(s)----------


Lihua Julie Zhu



举例----------Examples----------


        test.GFF = data.frame(cbind(seqname  = c("chr1", "chr2"), source=rep("Macs", 2),
        feature=rep("peak", 2), start=c("100", "1000"), end=c("200", "1100"), score=c(60, 26),
        strand=c(1, -1), frame=c(".", 2), group=c("peak1", "peak2")))
        test.rangedData = GFF2RangedData(test.GFF)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。