R语言 ChIPpeakAnno包 getAllPeakSequence()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getAllPeakSequence(ChIPpeakAnno)
getAllPeakSequence()所属R语言包：ChIPpeakAnno

                                         Obtain genomic sequences around the peaks
                                         获得基因组序列，周围的山峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Obtain genomic sequences around the peaks leveraging BSgenome and biomaRt package
周围的山峰获取基因组序列，利用BSgenome和biomaRt包


用法----------Usage----------


getAllPeakSequence(myPeakList, upstream = 200, downstream = 200, genome, AnnotationData)



参数----------Arguments----------

参数：myPeakList
RangedData: See example below
RangedData：参见下面的例子


参数：upstream
upstream offset from the peak start, e.g., 200  
上游偏移从高峰期的开始，例如，200


参数：downstream
downstream offset from the peak end, e.g., 200  
从高峰结束下游偏移，例如，200


参数：genome
BSgenome object or mart object. Please refer to available.genomes in BSgenome package and useMart in bioMaRt package for details
BSgenome对象或集市对象的。在BSgenome包和bioMaRt包useMart的详情，请参阅到available.genomes


参数：AnnotationData
RangedData used if mart object is parsed in which can be obtained from getAnnotation with featureType="TSS". For example, data(TSS.human.NCBI36), data(TSS.mouse.NCBIM37), data(GO.rat.RGSC3.4) and data(TSS.zebrafish.Zv8).  If not supplied, then annotation will be obtained from biomaRt automatically using the mart object
RangedData使用，可以与featureType =“TSS的”从getAnnotation取得集市对象解析。例如，数据（TSS.human.NCBI36），数据（TSS.mouse.NCBIM37），数据（GO.rat.RGSC3.4）和数据（TSS.zebrafish.Zv8）。如果没有提供，那么注释将从biomaRt获得自动使用集市对象


值----------Value----------

RangedData with slot start holding the start position of the peak, slot end holding the end position of the peak, slot rownames holding the id of the peak and slot space holding the chromosome location where the peak is located. In addition, the following variables are included.
与插槽RangedData开始举行的高峰期的开始位置，槽年底举行的高峰期的结束位置，槽rownames控股的峰值和峰位于染色体上的位置槽空间的ID。此外，包括下列变量。


参数：upstream
upstream offset from the peak start
上游从峰值开始偏移


参数：downstream
downstream offset from the peak end
下游偏移从高峰结束


参数：sequence
the sequence obtained
获得序列


作者（S）----------Author(s)----------


Lihua Julie Zhu



参考文献----------References----------

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注：
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