R语言 ChemmineR包 plotStruc()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotStruc(ChemmineR)
plotStruc()所属R语言包：ChemmineR

                                         Plot compound structures
                                         图复合结构

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots compound structure(s) for molecules stored in SDF and SDFset containers.
图复合结构（S）分子在自卫队和SDFset的容器存储。


用法----------Usage----------


## Convenience plot method
# plot(x, griddim, print_cid=cid(x), print=TRUE, ...)

## Less important for user
plotStruc(sdf, atomcex = 1.2, atomnum = FALSE, no_print_atoms = c("C"),
          noHbonds = TRUE, bondspacer = 0.12, ...)



参数----------Arguments----------

参数：sdf
Object of class SDF   
对象类SDF


参数：atomcex
Font size for atom labels  
原子标签的字体大小


参数：atomnum
If TRUE, then the atom numbers are included in the plot. They are the position numbers of each atom in the atom block of an SDF.  
如果TRUE，然后原子数，包括在图。他们是一个自卫队的原子块中的每个原子的位置编号。


参数：no_print_atoms
Excludes specified atoms from being plotted.  
排除被绘制的指定原子。


参数：noHbonds
If TRUE, then the C-hydrogens and their bonds - explicitly defined in an SDF - are excluded from the plot.  
如果TRUE，然后在C-氢原子和他们的债券 - 明确定义在自卫队 - 从图排除。


参数：bondspacer
Numeric value specifying the plotting distance for double/triple bonds.  
数值指定绘制双/三重债券距离。


参数：...
Arguments to be passed to/from other methods.  
参数被传递到/从其他方法。


Details

详情----------Details----------

The function plotStruc depicts a single 2D compound structure based on the XY-coordinates specified in the atom block of an SDF. The generic method plot can be used as a convenient shorthand to plot one or many structures at once. Both functions depend on the availability of the XY-coordinates in the source SD file and only 2D (not 3D) representations are plotted correctly.
的功能plotStruc描绘了一个单一的一个自卫队的原子块中指定XY坐标的二维复合结构。泛型方法plot可以用作一个方便的速记一次绘制一个或多个结构。这两个函数依赖于源SD文件，只有2D（3D）的陈述是正确的绘制XY坐标的可用性。

Additional arguments that can only be passed on to the plot function when supplied with an SDFset object:
只能通过plot函数时与SDFset对象提供额外的参数：

griddim: numeric vector of length two to define the dimensions for arranging several structures in one plot.
griddim：向量长度为二的数字定义安排在一个小区的几个结构尺寸。

print_cid: character vector for printing custom compound labels. Default is print_cid=cid(sdfset).
print_cid：字符打印自定义复合标签的向量。默认print_cid=cid(sdfset)。

print: if print=TRUE, then a summary of the SDF content for each supplied compound is printed to the screen. This behavior is turned off with print=TRUE.
print：如果print=TRUE，然后每个化合物的自卫队内容摘要打印到屏幕上。这种行为是与print=TRUE关闭。


值----------Value----------

Prints summary of SDF/SDFset to screen and plots their structures to graphics device.
打印汇总自卫队/ SDFset，画面和图结构的图形设备。


注意----------Note----------

The compound depictions created by this function are not as pretty as the structure representations generated with the sdf.visualize function. This will be improved in the future.
由这个函数创建的描写是不是复合结构产生的陈述与sdf.visualize功能一样漂亮。这在未来将得到改善。


作者（S）----------Author(s)----------



Thomas Girke




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

sdf.visualize
sdf.visualize


举例----------Examples----------


## Import SDFset sample set[＃导入SDFset样本集。]
data(sdfsample)
(sdfset <- sdfsample)

## Plot single compound structure[＃图单一化合物结构]
plotStruc(sdfset[[1]])

## Plot several compounds structures[＃绘制的几种化合物结构。]
plot(sdfset[1:4])

## Customize plot [＃自定义图]
plot(sdfset[1:4], griddim=c(2,2), print_cid=letters[1:4], print=FALSE, noHbonds=FALSE)

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