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fp2bit(ChemmineR)
fp2bit()所属R语言包：ChemmineR

                                         Convert base 64 fingerprints to binary
                                         二进制转换碱基64指纹

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function converts the base 64 encoded PubChem fingerprints to a binary matrix or a character vector. If applied to a SDFset object, then its data block needs to contain the PubChem fingerprint information.
功能转换碱基64编码PubChem数据库指纹二进制matrix或character向量。如果应用到SDFset对象，那么它的数据块必须包含PubChem数据库的指纹信息。


用法----------Usage----------


fp2bit(x, type = 2, fptag = "PUBCHEM_CACTVS_SUBSKEYS")



参数----------Arguments----------

参数：x
Object of class SDFset or matrix  
对象的类SDFset或matrix


参数：type
If set to 1, the results are returned as binary matrix. If set to 2 (default), the results are returned as character strings in a named vector.   
如果设置为1，返回结果为二进制矩阵。如果设置为2（默认），结果为character在一个名为向量的字符串返回。


参数：fptag
Name tag in SDF data block where the PubChem fingerprints are stored. Default is set to "PUBCHEM_CACTVS_SUBSKEYS".  
名称自卫队数据块标记PubChem数据库指纹存储。默认设置为“PUBCHEM_CACTVS_SUBSKEYS”。


Details

详情----------Details----------

...
...


值----------Value----------

Returns results as binary matrix when type=2 or as character strings stored in a named vector when type=1.
返回结果为二进制matrix时type=2或character字符串存储在一个名为vector时type=1。


作者（S）----------Author(s)----------



Thomas Girke




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

Functions: fpSim
功能：fpSim


举例----------Examples----------


## Load PubChem SDFset sample[＃负载PubChem数据库SDFset样本]
data(sdfsample); sdfset <- sdfsample
cid(sdfset) <- sdfid(sdfset)

## Convert base 64 encoded fingerprints to character vector or binary matrix[＃转换碱基64编码的指纹特征向量或二进制矩阵]
fpset <- fp2bit(x=sdfset, type=1)
fpset <- fp2bit(x=sdfset, type=2)

## Pairwise compound structure comparisons[＃成对复合结构比较]
fpSim(x=fpset[1,], y=fpset[2,])

## Structure similarity searching: x is query and y is fingerprint database[＃结构相似性搜索：X是查询和y是指纹数据库]
fpSim(x=fpset[1,], y=fpset)

## Compute fingerprint based Tanimoto similarity matrix [＃计算指纹的谷本相似矩阵]
simMA <- sapply(rownames(fpset), function(x) fpSim(x=fpset[x,], fpset))

## Hierarchical clustering with simMA as input[作为输入与西马＃分层聚类]
hc <- hclust(as.dist(simMA), method="single")

## Plot hierarchical clustering tree[＃图的层次聚类树]
plot(as.dendrogram(hc), edgePar=list(col=4, lwd=2), horiz=TRUE)

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