R语言 ChemmineR包 conMA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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conMA(ChemmineR)
conMA()所属R语言包：ChemmineR

                                         Bond Matrices
                                         邦德矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a bond matrix from SDF and SDFset objects. The matrix contains the atom labels in the row and column titles and the bond types are given in the data part as follows: 0 is no connection, 1 is a single bond, 2 is a double bond and 3 is a triple bond.
创建一个从SDF和SDFset对象的债券矩阵。矩阵包含原子中的行和列标题标签和债券类型中的部分数据如下：0是无连接，是一个单一的债券，是一个双键和三是三键。


用法----------Usage----------


conMA(x, exclude = "none")



参数----------Arguments----------

参数：x
SDF or SDFset containers  
SDF或SDFset容器


参数：exclude
if exclude="none", then all atoms will be considered in the resulting connection table; if exclude=c("H"), then the H atoms will be excluded. Any number of atom labels to be excluded can be passed on to this argument in form of a character vector.  
如果exclude="none"，那么所有原子会被认为在连接表;如果exclude=c("H")，然后氢原子将被排除在外。任何数量的原子被排除在外的标签，可以通过这样的说法character向量形式。


Details

详情----------Details----------

...
...


值----------Value----------

If x is of class SDF, then a single bond matrix is returned. If x is of class SDFset, then a list of matrices is returned that has the same length as x.
如果x类SDF，然后一个单一的债券matrix返回。如果x类SDFset，list矩阵返回具有相同的长度为x。


作者（S）----------Author(s)----------



Thomas Girke




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

Functions: bonds
功能：bonds

Class: SDF and SDFset
类别：SDF和SDFset


举例----------Examples----------


## Instances of SDFset class[＃实例SDFset类，]
data(sdfsample)
sdfset <- sdfsample

## Create bond matrix for first two molecules in sdfset[＃创建前两个分子在sdfset债券矩阵]
conMA(sdfset[1:2], exclude=c("H"))

## Return bond matrix for first molecule and plot its structure with atom numbering[＃返回第一个分子键矩阵和绘制其结构与原子编号]
conMA(sdfset[[1]], exclude=c("H"))
plot(sdfset[1], atomnum = TRUE, noHbonds=FALSE , no_print_atoms = "", atomcex=0.8)

## Return number of non-H bonds for each atom [＃返回每个原子的非-H键的数量]
rowSums(conMA(sdfset[[1]], exclude=c("H")))

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