R语言 ChemmineR包 AP-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AP-class(ChemmineR)
AP-class()所属R语言包：ChemmineR

                                        Class "AP"
                                         “美联社”类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Container for storing the atom pair descriptors of a single compound as numeric vector. The atom pairs are used as structural similarity measures and for compound similarity searching.
集装箱存储为数字向量的单一化合物的原子对描述。原子对被用作结构的相似性措施和复合相似性搜索。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("AP", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("AP", ...)。


插槽----------Slots----------




AP: Object of class "numeric"
AP类"numeric"：对象


方法----------Methods----------




ap signature(x = "AP"): returns atom pairs as numeric vector
APsignature(x = "AP")：返回数字矢量原子对




coerce signature(from = "APset", to = "AP"): as(apset, "AP")
强制signature(from = "APset", to = "AP")：as(apset, "AP")




show signature(object = "AP"): prints summary of AP
显示signature(object = "AP")：AP版画总结


作者（S）----------Author(s)----------



Thomas Girke




参考文献----------References----------

in 2D fragment-based similarity searching: comparison of structural descriptors and similarity coefficients", J Chem Inf Comput Sci.

参见----------See Also----------

Related classes: SDF, SDFset, SDFstr, APset.
相关类别：自卫队，SDFset，SDFstr，APset。

Functions: SDF2apcmp, apset2descdb, cmp.search, cmp.similarity
功能：SDF2apcmp，apset2descdb，cmp.search，cmp.similarity


举例----------Examples----------


showClass("AP")

## Instance of SDFset class[＃SDFset类的实例]
data(sdfsample)
sdfset <- sdfsample[1:50]
sdf <- sdfsample[[1]]

## Compute atom pair library[＃计算原子对库]
ap <- sdf2ap(sdf)
(apset <- sdf2ap(sdfset))
view(apset[1:4])

## Return main components of APset object[＃返回的APset对象的主要组成部分]
cid(apset[1:4]) # compound IDs[化合物的ID]
ap(apset[1:4]) # atom pair descriptors[原子对描述]

## Return atom pairs in human readable format[＃返回原子对人类可读的格式]
db.explain(apset[1])

## Coerce APset to other objects [＃强迫APset其他对象]
apset2descdb(apset) # returns old list-style AP database[返回旧的列表式AP数据库]
tmp &lt;- as(apset, "list") # returns list[返回列表]
as(tmp, "APset") # converst list back to APset[converst列表回APset]

## Compound similarity searching with APset[＃复合相似与APset搜索]
cmp.search(apset, apset[1], type=3, cutoff=0.2)
plot(sdfset[names(cmp.search(apset, apset[6], type=2, cutoff=0.4))])

## Identify compounds with identical AP sets [＃确定化合物具有相同的AP设置]
cmp.duplicated(apset, type=2)

## Structure similarity clustering [＃结构的相似性聚类]
cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5))[1:20,]


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