R语言 charm包 regionPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

regionPlot(charm)
regionPlot()所属R语言包：charm

                                         Plot user-supplied genomic regions.
                                         小区用户提供的基因组区域。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot any given genomic regions from tiling microarray data.
任何平铺芯片的数据绘制基因组区域。


用法----------Usage----------


regionPlot(tab, dmr, outfile, which.plot, which.groups=colnames(dmr$gm), cl=2ncol(dmr$gm)+1), legend.size=1, buffer=3000, plot.p=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：tab
a data frame with columns chr, start, and end identifying the regions to be plotted from the data.  
一个列字符，开始和结束，确定从数据绘制区域的数据框。


参数：dmr
a list object as returned by dmrFinder, providing the data to be plotted.  
如由dmrFinder返回一个列表对象，提供的数据绘制。


参数：outfile
a character string giving the name of the pdf file that will be saved.  Include the full path if file is not to be saved in the current working directory.  
给字符串将被保存的PDF文件的名称。包括完整的路径，如果文件不被保存在当前工作目录。


参数：which.plot
a vector of indices identifying which regions (rows) from tab to plot.  
确定哪些区域从选项卡（行）绘制指数向量。


参数：which.groups
a character vector of names (or a numeric vector of indices for the columns of dmr$gm)  identifying which groups to plot.  
一个名字的特征向量（或指数为DMR美元通用列的数字向量）确定哪些群体图。


参数：cl
a vector of line and point colors, one for each group in which.groups in alphabetical order by group name.  
向量的线和点的颜色，一个组中的每个组的名称的字母顺序which.groups。


参数：legend.size
cex argument for the legend (factor by which to magnify/shrink the legend).  
CEX参数（放大/缩小的传说因子）的传说。


参数：buffer
An integer to control how many basepairs to show on either side of the plotted regions.  
一个整数来控制显示上绘制的区域两边有多少碱基对。


参数：plot.p
set to FALSE if you want to plot the methlation values (the "l" output from dmrFinder) instead of the percentage methylation values (the "p" output).  If dmrFinder was run on l instead of p, plot.p=FALSE necessarily.  
如果你要绘制的methlation值，而不是百分比甲基化值（“L”从dmrFinder输出）（“P”输出）设置为FALSE。如果dmrFinder L上运行，而不是p的，plot.p = FALSE一定。


Details

详情----------Details----------

This function enables plotting of any regions, not just DMRs.
此功能允许任何区域的图，不仅DMRs。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>, Peter Murakami, Rafael Irizarry




参见----------See Also----------

dmrPlot, dmrFinder, dmrFdr
dmrPlot，dmrFinder，dmrFdr


举例----------Examples----------


# See dmrFdr[看到dmrFdr]

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