R语言 charm包 qcReport()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

qcReport(charm)
qcReport()所属R语言包：charm

                                         Microarray quality report
                                         芯片质量报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate microarray quality scores and produce an optional pdf report
计算芯片的质量分数，并产生一个可选的PDF报告


用法----------Usage----------


qcReport(dat, file = NULL, utRange = c(30, 100), enRange = c(8, 12),
        numProbes = 5e+05, blockSize)



参数----------Arguments----------

参数：dat
a TilingFeatureSet  
1 TilingFeatureSet


参数：file
name of output pdf file  
输出的PDF文件的名称


参数：utRange
color-scale range for the untreated channel plots  
未经处理的通道图的颜色量程


参数：enRange
color-scale range for the methyl-depleted channel plots  
颜色量程为的甲基亏损通道图


参数：numProbes
maximum number of probes to use for plots. If smaller than the number of probes on the array numProbes are chosen at random, speeding up calculations for high-density arrays with several million probes.  
探针用于图的最大数量。如果小于，阵列上numProbes的探针随机选择，加快与数百万探针的高密度阵列计算。


参数：blockSize
The array is divided into a series of blockSize x blockSize rectangular blocks and the average signal level calculated for each. If blockSize is unspecified a size is chosen that gives about 1250 probes per block.   
阵列分为一系列的BLOCKSIZE x BLOCKSIZE矩形块和每个计算的平均信号电平。如果未指定BLOCKSIZE大小选择，提供了约1250每块探针。


Details

详情----------Details----------

This function calculates microarray quality scores and produces an optional pdf report. Three quality metrics are calculated for each array:
此函数计算芯片的质量得分，并产生一个可选的PDF格式的报告。为每个阵列三种质量指标的计算：




Average signal strength. The average percentile rank of untreated channel signal probes among the background (anti-genomic) probes. Since the untreated channel contains total DNA a successful hybridization would have strong signal for all untreated channel genomic probes.
平均信号强度。未经处理的通道间的背景信号探针（反基因）探针的平均百分等级。由于未处理的通道包含的总DNA，一个成功的杂交将所有未经处理的通道基因探针的强烈信号。




Untreated channel signal standard deviation. The array is divided into a series of rectangular blocks and the average signal level calculated for each. Since probes are arranged randomly on the array there should be no large differences between blocks. Arrays with spatial artifacts have a larger standard deviation between blocks.
未经处理的信道信号的标准偏差。阵列分为一系列的矩形块，每个计算的平均信号电平。由于探针阵列随机安排应该有块之间没有大的差异。空间文物阵列块之间有较大的标准偏差。


值----------Value----------

a matrix with a row for each sample. The 3 columns contain array signal strength score, untreated channel standard deviation and methyl-depleted channel standard deviation.
一排每个样品的矩阵。 3列包含阵列信号强度得分，未经处理的通道标准偏差和甲基贫通道标准偏差。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




举例----------Examples----------


        if (require(charmData)) {
                phenodataDir <- system.file("extdata", package="charmData")
                pd <- read.delim(file.path(phenodataDir, "phenodata.txt"))
                dataDir <- system.file("data", package="charmData")
                setwd(dataDir)
                rawData <- readCharm(files=pd$filename, sampleKey=pd)
                qcReport(rawData, file="qcReport.pdf")
        }

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。