R语言 charm包 plotDensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotDensity(charm)
plotDensity()所属R语言包：charm

                                         Log-ratio density plot for all probes and control probes
                                         数比为所有探针和控制探针的密度图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make density plots of log-ratios for two-color microarray data. Two plots are produced: one for all probes on the array, and a second for the control probes.
使两色的微阵列数据的log比密度图。产生两个图：一个阵列上的所有探针和控制探针第二。


用法----------Usage----------


plotDensity(dat, rx = c(-4, 6), controlIndex = NULL, controlProbes=NULL,
            pdfFile = NULL, main = NULL, lab=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：dat
a TilingFeatureSet  
1 TilingFeatureSet


参数：rx
x-axis range  
X-轴的范围


参数：controlIndex
a vector of non-CpG control probe indices  
一个非CPG控制探针指数的向量


参数：controlProbes
vector of names used to denote control probes in the 'container' column of the Nimblegen annotation (ndf) file.  
矢量控制探针用来表示NimbleGen的注解（NDF）文件中的“容器”列名。


参数：pdfFile
name of output pdf file  
输出的PDF文件的名称


参数：main
main title   
主标题


参数：lab
vector of sample labels. If not specified the sample names from dat will be used.   
向量对样品的标签。如果没有指定从DAT样品名称将被使用。


Details

详情----------Details----------

This function makes density plots for a) all probes and b) control probes. It is typically called from within methp when a file name is specified for its plotDensity option. The plots are useful for identifying problematic outlier samples.
此功能使得a）所有探针和b）控制探针的密度图。它通常被称为内methp为指定其plotDensity选项时，文件名。图有助于找出问题的离群样本。


值----------Value----------

No return value. Called for its side-effect of producing a pdf plot.
没有返回值。呼吁其副作用产生一个PDF的图。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




举例----------Examples----------


        if (require(charmData) & require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)) {
                phenodataDir <- system.file("extdata", package="charmData")
                pd <- read.delim(file.path(phenodataDir, "phenodata.txt"))
                # Read in raw data[读取原始数据]
                dataDir <- system.file("data", package="charmData")
                rawData <- readCharm(path=dataDir, files=pd$filename,
                         sampleKey=pd)
                ctrlIdx <- getControlIndex(rawData, subject=Hsapiens)
                plotDensity(rawData, controlIndex=ctrlIdx, pdfFile="density.pdf")       
        }

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