R语言 charm包 normalizeWithinSamples()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalizeWithinSamples(charm)
normalizeWithinSamples()所属R语言包：charm

                                         Within-sample normalization for two-color data
                                         样本内两色数据的标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Within-sample (between-channel) normalization for two-color DNA methylation microarray data. This function implements the control probe loess procedure described in Aryee et al., 2011 (PMID: 20858772).
样本内（之间的通道）两色的DNA甲基化微阵列数据的标准化。此功能实现Aryee等，2011（关键词：20858772）。控制探针黄土过程。


用法----------Usage----------


normalizeWithinSamples(dat, copy=TRUE,
        method = "loess", scale=c(0.99, 0.99),
        controlProbes = NULL, controlIndex = NULL, approx=TRUE, breaks=1000, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dat
a TilingFeatureSet  
1 TilingFeatureSet


参数：copy
Only relevant when using disk-backed objects. If TRUE a copy will be made leaving the original object (dat) unchanged. The input object will not be preserved if copy=FALSE
只有相关时使用的磁盘备份的对象。如果是TRUE副本将离开原来的对象（DAT）不变。输入对象将不会被保留，如果复制= FALSE


参数：method
normalization method. "loess" or "none"  
归一化方法。 “黄土”或“无”


参数：scale
a numeric vector (x,y). The xth percentile of each sample is scaled to represent y% methylation. The default c(0.99, 0.99) means probes in the 99% percentile represent 99% methylation. Set to NA for no scaling.  
一个数值向量（X，Y）。每个样品的第十届百分缩放代表同期甲基化。默认的C（0.99，0.99），是指探针在99％百分位代表99％的甲基化。设置为NA不结垢。


参数：controlProbes
character string of the label assigned to non-CpG control probes in the annotation file (i.e. the container column of the .ndf file).  
分配给非的CpG控制探针在注释文件（即货柜列。NDF文件）的标签的字符串。


参数：controlIndex
a vector of non-CpG control probe indices  
一个非CPG控制探针指数的向量


参数：approx
Bin probes by signal intensity when loess normalizing. Much faster when TRUE  
黄土标准化时的信号强度斌探针。快得多当为true


参数：breaks
Number of bins to use when approx=TRUE  
时使用的箱数约= TRUE


参数：verbose
boolean: Verbose output?  
布尔：详细输出？


Details

详情----------Details----------

This function is used by methp performs within-sample (between-channel) normalization. It is normally not used directly by the user.
此功能用于methp执行样本内（之间的通道）标准化。它通常是用户不能直接使用。


值----------Value----------

a TilingFeatureSet
1 TilingFeatureSet


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>, Rafael Irizarry




举例----------Examples----------


# See normalizeBetweenSamples[看到normalizeBetweenSamples]

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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