R语言 charm包 normalizeBetweenSamples()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

normalizeBetweenSamples(charm)
normalizeBetweenSamples()所属R语言包：charm

                                         Between-sample normalization
                                         之间的样本标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Between-sample normalization for two-color DNA methylation microarray data.
两色的DNA甲基化微阵列数据样本之间的标准化。


用法----------Usage----------


normalizeBetweenSamples        (dat, copy=TRUE,
        m="allQuantiles", untreated="none", enriched="none",
        controlProbes=NULL, controlIndex=NULL, excludeIndex=NULL, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dat
a TilingFeatureSet object  
1 TilingFeatureSet对象


参数：copy
Only relevant when using disk-backed objects. If TRUE a copy will be made leaving the original object (dat) unchanged. The input object will not be preserved if copy=FALSE
只有相关时使用的磁盘备份的对象。如果是TRUE副本将离开原来的对象（DAT）不变。输入对象将不会被保留，如果复制= FALSE


参数：m
normalization method for log-ratios. "allQuantiles" for full quantile normalization, or "none"  
log比归一化法。的“allQuantiles充分位数标准化，或”无“”


参数：untreated
normalization method for the untreated channel. "complete", "allQuantiles" or "none"  
归一化法为未经处理的通道。 “完整”，“allQuantiles”或“无”


参数：enriched
normalization method for the untreated channel. "sqn", "allQuantiles" or "none"  
归一化法为未经处理的通道。 “中队”，“allQuantiles”或“无”


参数：controlProbes
character string of the label assigned to non-CpG control probes in the annotation file (i.e. the container column of the .ndf file).  
分配给非的CpG控制探针在注释文件（即货柜列。NDF文件）的标签的字符串。


参数：controlIndex
a vector of non-CpG control probe indices  
一个非CPG控制探针指数的向量


参数：excludeIndex
a vector indicating which pm probes to ignore when creating normalization target distributions. Can be a vector of probe indices or a boolean vector of length(pmindex(dat)).  
矢量指示建立标准化的目标分布时下午探针忽略。可以是探针指数的向量或布尔向量的长度（pmindex（DAT））。


参数：verbose
boolean: Verbose output?  
布尔：详细输出？


Details

详情----------Details----------

This function is used by methp performs between-sample normalization. It is normally not used directly by the user.
此功能用于methp执行样本之间的标准化。它通常是用户不能直接使用。


值----------Value----------

a TilingFeatureSet
1 TilingFeatureSet


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




参见----------See Also----------

methp
methp


举例----------Examples----------


        if (require(charmData) & require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)) {
                phenodataDir <- system.file("extdata", package="charmData")
                pd <- read.delim(file.path(phenodataDir, "phenodata.txt"))
                pd <- subset(pd, sampleID=="441_liver")
                dataDir <- system.file("data", package="charmData")
                setwd(dataDir)
                rawData <- readCharm(files=pd$filename, sampleKey=pd)
                # Correct spatial artifacts[正确的空间文物]
                dat <- spatialAdjust(rawData)
                # Remove background signal[删除背景信号]
                dat <- bgAdjust(dat)
                # Find non-CpG control probes[非的CpG控制探针]
                ctrlIdx <- getControlIndex(rawData, subject=Hsapiens)
                # Within-sample normalization[样本内的标准化]
                dat <- normalizeWithinSamples(dat, controlIndex=ctrlIdx)
                # Within-sample normalization[样本内的标准化]
                dat <- normalizeBetweenSamples(dat)
        }

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