R语言 charm包 methPercent()函数中文帮助文档(中英文对照)

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methPercent(charm)
methPercent()所属R语言包：charm

                                         Estimate percentage DNA methylation from log-ratios
                                         log比估计的百分比从DNA甲基化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate percentage DNA methylation from log-ratios
log比估计的百分比从DNA甲基化


用法----------Usage----------


methPercent(m, pmIndex, ngc, commonParams = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：m
a matrix of M-values (methylation log-ratios). One column per sample.  
矩阵的m值（甲基数的比率）。每样一列。


参数：pmIndex
A vector of probe indices to use in the calculation. Usually set to the indices of the pm probes (excluding background and other non-specific controls) by using pmIndex=pmindex(dat)  
在计算中使用的一个探针指数向量。通常设置为下午探针指数（不包括背景和其他非特定的控件）使用pmIndex = pmindex（DAT）


参数：ngc
a vector with GC-content of probes. Same length as nrow(m)  
与GC含量探针的向量。作为NROW相同长度（M）


参数：commonParams
boolean indicating whether a common set of parameters should be used for all samples when converting M-values to percentage methylation.  
布尔值，指示是否一套通用的参数应为所有样品转换m值的百分比甲基化时使用。


Details

详情----------Details----------

This function estimates percentage DNA methylation from normalized methylation log-ratios (M-values).
这个功能估计百分比归甲基log比率（M值）的DNA甲基化。


值----------Value----------

a matrix of percentage methylation estimates. Same dimensions as m
百分比甲基估计矩阵。相同尺寸为m


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




举例----------Examples----------


        if (require(charmData) & require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)) {
                phenodataDir <- system.file("extdata", package="charmData")
                pd <- read.delim(file.path(phenodataDir, "phenodata.txt"))
                pd <- subset(pd, sampleID=="441_liver")
                dataDir <- system.file("data", package="charmData")
                setwd(dataDir)
                # Read in raw data[读取原始数据]
                rawData <- readCharm(files=pd$filename, sampleKey=pd)
                # Find non-CpG control probes[非的CpG控制探针]
                ctrlIdx <- getControlIndex(rawData, subject=Hsapiens)       
                # Get normalized methylation log-ratios[获取归甲基log比]
                m <- methp(rawData, controlIndex=ctrlIdx, returnM=TRUE)
                # Estimate percentage methylation[估计百分比甲基化]
                ngc <- countGC(rawData)
                p <- methPercent(m, ngc=ngc)
        }

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