R语言 charm包 dmrFdr()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dmrFdr(charm)
dmrFdr()所属R语言包：charm

                                         Calculate FDR q-values for differentially methylated regions (DMRs)
                                         计算差异甲基化区域（DMRs）FDRQ值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate false discovery rate q-values for a set of differentially methylated regions using a permutation approach.
虚假的发现率Q值估计差异甲基化区域用置换的方法集。


用法----------Usage----------


dmrFdr(dmr, compare = 1, numPerms = 1000, seed = NULL, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：dmr
a dmr object as returned by dmrFinder  
1的DMR对象返回dmrFinder


参数：compare
The dmr table for which to calculate DMRs. See details.  
在幕表为其计算DMRs的。查看详情。


参数：numPerms
Number of permutations  
排列数


参数：seed
Random seed (for reproducibility)  
随机种子（重复性）


参数：verbose
Boolean  
布尔


Details

详情----------Details----------

This function estimates false discovery rate q-values for a dmr object returned by dmrFinder. dmrFinder can return a set of DMR tables with one or more pair-wise comparisons between groups. dmrFdr currently only calculated q-values for one of these at a time. The dmr table to use (if the dmr object contains more than one) is specified by the compare option.
这个功能估计为DMR对象的Q值由dmrFinder返回的错误发现率。 dmrFinder可以返回一套DMR的表与一个或多个群体之间的成对比较。 dmrFdr目前只计算为一次其中之一的Q值。 DMR表使用（如果DMR对象包含多个）指定比较选项。


值----------Value----------

a list object in the same format as the input, but with extra p-val and q-val columns for the tabs element.
在相同的格式输入，但额外的P-值和Q-VAL列的标签元素的列表对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




参见----------See Also----------

dmrFinder, dmrPlot, regionPlot
dmrFinder，dmrPlot，regionPlot


举例----------Examples----------


        if (require(charmData) & require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)) {
                phenodataDir <- system.file("extdata", package="charmData")
                pd <- read.delim(file.path(phenodataDir, "phenodata.txt"))
                pd <- subset(pd, tissue %in% c("liver", "colon"))
                # Validate format of sample description file                [验证样本描述文件的格式]
                res <- validatePd(pd)
                dataDir <- system.file("data", package="charmData")
                setwd(dataDir)
                # Read in raw data[读取原始数据]
                rawData <- readCharm(files=pd$filename, sampleKey=pd)
                # Find non-CpG control probes[非的CpG控制探针]
                ctrlIdx <- getControlIndex(rawData, subject=Hsapiens)
                # Estimate methylation[估计甲基化]
                p <- methp(rawData, controlIndex=ctrlIdx)
                # Find differentially methylated regions[差异甲基化区域]
                grp <- pData(rawData)$tissue
                dmr <- dmrFinder(rawData, p=p, groups=grp,
                        compare=c("liver", "colon"), cutoff=0.95)
                head(dmr$tabs[[1]])
                # Estimate false discovery rate for DMRs[估计DMRs虚假的发现率]
                dmr <- dmrFdr(dmr, numPerms=3, seed=123)
                head(dmr$tabs[[1]])

                ##Not run:[＃无法运行：]
                ## Plot top 10 DMRs:[＃图前10 DMRs：]
                #dmrPlot(dmr=dmr, which.table=1, which.plot=1:10, legend.size=1, all.lines=TRUE, all.points=TRUE, colors.l=c("blue","black"), colors.p=c("blue","black"), outpath=".")[dmrPlot（DMR = DMR which.table = 1，which.plot = 1:10，legend.size = 1，all.lines = TRUE时，all.points = TRUE时，colors.l = C（“蓝”，“黑“），colors.p = C（”蓝“，”黑“），outpath =”。“）]
                ## plot any given genomic regions using this data, supplying the regions in a data frame that must have columns with names "chr", "start", and "end": [＃绘制任何特定的基因组区域，利用这些数据，提供一个数据框，必须有列名称“CHR”，“开始”，和“结束”区域：]
                #mytab = data.frame(chr=as.character(c(dmr$tabs[[1]]$chr[1],"chrY",dmr$tabs[[1]]$chr[-1])), start=as.numeric(c(dmr$tabs[[1]]$start[1],1,dmr$tabs[[1]]$start[-1])), end=as.numeric(c(dmr$tabs[[1]]$end[1],100,dmr$tabs[[1]]$end[-1])), stringsAsFactors=FALSE)[1:5,][mytab =数据框（CHR = as.character（C（DMR元标签[1] $ CHR [1]，“chrY”，DMR元标签[[1] $ CHR [-1]）），启动= as.numeric（C（DMR元标签[1]启动[1]，1，DMR元标签[1]]启动[-1]）），最终as.numeric（C（DMR美元标签[[1]美元结束[1]，100，DMR元标签[1] [-1]）年底），stringsAsFactors = FALSE），[1:5]]
                #regionPlot(tab=mytab, dmr=dmr, outfile="./myregions.pdf", which.plot=1:5, which.groups=c("liver","colon"), cl=c("blue","black"), legend.size=1, buffer=3000)[regionPlot（制表符= mytab，DMR = DMR OUTFILE =“/ myregions.pdf”，which.plot = 1:5，which.groups = C（“肝”，“冒号”），CL = C（“蓝” “黑”），legend.size = 1，缓冲区= 3000）]
                ## note that region 2 is not plotted since it is not on the array.[＃注意该区域没有绘制，因为它不是阵列上。]
        }

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