R语言 charm包 cpgdensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cpgdensity(charm)
cpgdensity()所属R语言包：charm

                                         Get CpG density for genomic regions
                                         获取基因组区域的CpG密度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate the CpG density for a set of windows
计算一组窗口的CpG密度


用法----------Usage----------


cpgdensity(subject, chr, pos, windowSize = 500, sequence = "CG")



参数----------Arguments----------

参数：subject
BSGenome object (e.g. Hsapiens)
BSGenome对象（例如Hsapiens）


参数：chr
character vector  
特征向量


参数：pos
numeric vector  
数字向量


参数：windowSize
number value  
数字值


参数：sequence
character string  
字串


Details

详情----------Details----------

Calculate the CpG density for a set of regions. chr and pos specify the region mid-points and windowSize specifies the size of the window to be centered on these mid-points. i.e. The window will stretch from pos-windowSize/2 to pos+windowSize/2.
计算一组区域的CpG密度。 Chr和POS指定区域中点和windowSize指定窗口的大小，将这些中点为中心。即窗口的延伸，从POS-windowSize / 2 POS + windowSize / 2。


值----------Value----------

a numeric vector
数字向量


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




举例----------Examples----------


        if (require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)){
                chr <- c("chr1", "chr1", "chr2")
                pos <- c(100000, 100500, 100000)
                cpgd <- cpgdensity(Hsapiens, chr=chr, pos=pos, windowSize = 500)
                cpgd
        }

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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