R语言 charm包 countGC()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

countGC(charm)
countGC()所属R语言包：charm

                                         Count probe GC content
                                         计数探针GC含量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Return the GC content for each probe
每个探测器传回的GC含量


用法----------Usage----------


countGC(dat, type = "pm", idx)



参数----------Arguments----------

参数：dat
a TilingFeatureSet object   
1 TilingFeatureSet对象


参数：type
pm or bg probes  
下午或BG探针


参数：idx
An optional vector of probe indices for which to return GC content. If not specified, values for all pm (or bg) probes will be returned.  
可选的探针指数向量返回GC含量。如果没有指定，所有下午（或BG）探针的值将被退回。


Details

详情----------Details----------

This function returns the sum of #G + #C in the pm or bg probes.
此函数返回＃G +＃C在下午或BG探针的总和。


值----------Value----------

a numeric vector
数字向量


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




参见----------See Also----------

readCharm
readCharm


举例----------Examples----------


        if (require(charmData)) {
                phenodataDir <- system.file("extdata", package="charmData")
                pd <- read.delim(file.path(phenodataDir, "phenodata.txt"))
                pd <- subset(pd, sampleID=="441_liver")
                dataDir <- system.file("data", package="charmData")
                setwd(dataDir)
                rawData <- readCharm(files=pd$filename, sampleKey=pd)
                ngc <- countGC(rawData)
                head(ngc)
        }

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