R语言 CGHcall包 normalize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize(CGHcall)
normalize()所属R语言包：CGHcall

                                        Normalization and cellularity adjustment for arrayCGH data.
                                         arrayCGH数据的标准化和单元结构调整。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function normalizes arrayCGH data using the global mode or median. It can also adjust for the cellularity of your data.
此功能使用全球模式或中位数标准化arrayCGH数据。它也可以为您的数据的单元结构调整。


用法----------Usage----------


normalize(input, method = "median", cellularity = 1, smoothOutliers = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：input
Object of class cghRaw.  
对象类cghRaw。


参数：method
Normalization method, either 'median', 'mode', or 'none'.  
归一化方法，无论是“中位数”，“模式”，或“无”。


参数：cellularity
A vector of cellularities ranging from 0 to 1 to define the contamination of your sample with healthy cells (1 = no contamination). See details for more information.  
一个从0到1的单元密度来定义您的样品污染与健康的单元（1 =没有污染）的向量。详情请参阅更多信息。


参数：smoothOutliers
Logical. Indicates whether outliers should be smoothed using the smooth.CNA function.
逻辑。指示离群是否应使用smooth.CNA函数进行平滑。


参数：...
Arguments for smooth.CNA.  
smooth.CNA论据。


Details

详情----------Details----------

The cellularity parameter should be a vector of length n where n is the number of samples in your dataset. The vector is recycled if there are not enough values in it, or truncated if there are too many. For more information on the correction we refer to section 1.6 of the supplementary information for van de Wiel et al. 2006.
单元结构参数应该是一个长度为n，其中n是您的数据集的样本数量的向量。被回收的向量如果没有足够的值，或截断，如果有太多。对于改正的更多信息，我们指的面包车去华大等补充信息1.6条。 2006年。


值----------Value----------

This function returns a dataframe in the same format as the input with normalized and/or cellularity adjusted log2 ratios.
这个函数返回相同的格式的规范化和/或单元结构调整log2比率输入一个dataframe。


作者（S）----------Author(s)----------


Sjoerd Vosse & Mark van de Wiel



举例----------Examples----------


  data(WiltingData)
  ## Convert to 'cghRaw' object[＃转换为cghRaw对象]
  cgh <- cghRaw(WiltingData)
  ## First preprocess the data[＃首先进行预处理数据]
  raw.data <- preprocess(cgh)
  ## Simple global median normalization for samples with 75% tumor cells[＃简单的全球75％的肿瘤单元样本中位数标准化]
  perc.tumor <- rep(0.75, 3)
  normalized.data <- normalize(raw.data, cellularity=perc.tumor)

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