R语言 vegetarian包 similarity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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similarity(vegetarian)
similarity()所属R语言包：vegetarian

                                        Similarity Summary Table
                                         相似汇总表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a summary table of community overlap for all possible pairwise combinations of samples (e.g. sites, plots) using the similarity function.
创建社区所有可能的配对组合的样本（如网站，图）similarity功能重叠的汇总表。


用法----------Usage----------


similarity(abundances, abundances2 = NULL, q = 1, boot = FALSE, boot.arg = list(s.sizes = NULL, num.iter = 100))



参数----------Arguments----------

参数：abundances
Community data as a matrix where columns are individual species and rows are sites. Matrix elements are abundance data (e.g. counts, percent cover estimates).  May be given as a vector with abundances2 as a vector for a second community.
社区数据列是一个矩阵，其中个别品种和行的网站。矩阵元素丰度数据（如计数，百分比盖的估计）。可以给出一个矢量与abundances2作为一个向量的第二社会。


参数：abundances2
Community data, a vector of different species within a site. Vector elements are abundance data (e.g. counts, percent cover estimates). If abundances is given a matrix, then abundances2 defaults to a logical FALSE statement.
社区站点内的数据，不同物种的向量。 Vector元素的丰度数据（如计数，百分比盖的估计）。如果丰度矩阵，然后abundances2默认为一个逻辑的虚假陈述。


参数：q
Order of the diversity measure. Defaults to the Shannon case where q = 1.
订购的多样性的措施。默认的Shannon情况下，q = 1时。


参数：boot
Logical indicating whether to use bootstrapping to estimate uncertainty.
逻辑指示是否使用自举到估计不确定性。


参数：boot.arg
(optional) List of arguments to pass bootstrapping function: list(s.sizes=number you specify, num.iter=number you specify)
（可选）的参数列表，通过自举功能：列表（s.sizes =您指定的号码，num.iter =您指定的号码）


Details

详细信息----------Details----------

This function calculates pairwise similarity for two or more samples, so the abundance data must be a matrix with two or more rows (samples). Depending on the specification of the order (q), other different similarity indices may be calculated (e.g. Sorenson index when q=0, Horn index when q=1, Morisita-Horn index when q=2) (Jost 2007).
此函数计算成对相似度为两个或更多的样品，这样的丰度数据必须是一个具有两个或更多的行（样本）的矩阵。根据规范的顺序（q），其他不同的相似性指数计算（例如Sorenson指数q = 0时，喇叭指数当q = 1时，Morisita角指数当q = 2）（乔斯特2007）。


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>Similarity</td> <td> A matrix of pairwise similarities showing community overlap calculated using the similarity function.</td></tr> <tr valign="top"><td>StdErr</td> <td> (optional) Standard error of value estimated through bootstrapping.</td></tr> </table>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> Similarity</ TD> <TD>的矩阵计算成对的相似性社区重叠的相似功能。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> StdErr </ TD> <TD>（可选）标准误差的估计值，通过自举。</ TD> </ TR> </ TABLE>


（作者）----------Author(s)----------


Noah Charney, Sydne Record



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

实例----------Examples----------


data(simesants)
hemlock<-subset(simesants,Habitat=="Hemlock")[,-1]
hardwood<-subset(simesants,Habitat=="Hardwood")[,-1]
similarity(rbind(hemlock,hardwood))
similarity(hemlock,abundances2=hardwood)
similarity(hemlock,abundances2=hardwood,boot=TRUE)
similarity(hemlock,abundances2=hardwood,q=2,boot=TRUE,boot.arg=list(num.iter=200))

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