R语言 vegetarian包 sim.table()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sim.table(vegetarian)
sim.table()所属R语言包：vegetarian

                                        Similarity Summary Table
                                         相似汇总表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a summary table of community overlap for all possible pairwise combinations of samples (e.g. sites, plots) using the similarity function.
创建所有可能的配对组合的样本（如网站，图）使用的相似功能，重叠的汇总表。


用法----------Usage----------


sim.table(abundances, q = 1, labels = FALSE, half = TRUE, diag = TRUE, boot = FALSE, boot.arg = list(s.sizes = NULL, num.iter = 100))



参数----------Arguments----------

参数：abundances
Community data as a matrix where columns are individual species and rows are sites. Matrix elements are abundance data (e.g. counts, percent cover estimates).
社区数据列是一个矩阵，其中个别品种和行的网站。矩阵元素丰度数据（如计数，百分比盖的估计）。


参数：q
Order of the diversity measure. Defaults to the Shannon case where q = 1.
订购的多样性的措施。默认的Shannon情况下，q = 1时。


参数：labels
Logical statement. If labels=TRUE, then site names are given as the first column of the abundance matrix. The default is labels=FALSE where no site names are given in the abundance matrix.
逻辑语句。如果标签= TRUE，那么站点名称给出的丰度矩阵的第一列。默认值是标签= FALSE没有网站名称的丰度矩阵。


参数：half
Logical statement that changes the display of the resulting matrix. The default is half=TRUE, where the similarities are not repeated and are given as NaN values on one side of the diagonal in the resulting matrix. If half=FALSE, then the displayed similarities are repeated on either side of the diagonal of the resulting matrix.
逻辑语句，改变了显示器所产生的矩阵。缺省值是一半= TRUE时，相似的地方，不重复，并给出NaN值所得矩阵中的对角线上的一侧上。如果一半= FALSE，则所得到的矩阵的对角线的两侧上重复显示的相似度。


参数：diag
Logical statement that changes the display of the resulting matrix. The default is diag=TRUE, where the elements in the diagonal of the resulting similarity matrix are all equal to one because a sample should be completely identical to itself. If diag=FALSE, then then the elements in the diagonal of the resulting similarity matrix are given NaN values.
逻辑语句，改变了显示器所产生的矩阵。缺省值是诊断= TRUE时，在所得到的相似性矩阵的对角线的元素都等于1，因为样品本身应该是完全一致的。如果diag = FALSE时，然后在所得到的相似性矩阵的对角线元素被给予NaN值。


参数：boot
Logical indicating whether to use bootstrapping to estimate uncertainty.  If boot=TRUE, only standard errors will be output in table; to get both values and standard error of similarities, must call sim.groups twice, setting boot to both TRUE and FALSE
逻辑指示是否使用自举到估计不确定性。如果引导= TRUE，标准误差将输出表中值和标准错误的相似性，必须调用sim.groups两次，将启动设置为TRUE和FALSE


参数：boot.arg
(optional) List of arguments to pass bootstrapping function: list(s.sizes=number you specify, num.iter=number you specify)
（可选）的参数列表，通过自举功能：列表（s.sizes =您指定的号码，num.iter =您指定的号码）


Details

详细信息----------Details----------


值----------Value----------

A matrix of pairwise similarities showing community overlap calculated using the similarity function.
成对的相似性社区重叠的矩阵计算使用的相似的功能。


（作者）----------Author(s)----------


Noah Charney, Sydne Record



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

实例----------Examples----------


data(simesants)
sim.table(simesants[,-1])
sim.table(simesants,labels=TRUE)
sim.table(simesants,labels=TRUE, diag=FALSE)
sim.table(simesants,labels=TRUE, half=FALSE)
sim.table(simesants,labels=TRUE,boot=TRUE)#standard errors only[标准误差仅]
sim.table(simesants,labels=TRUE,boot=TRUE, boot.arg=list(num.iter=200), q=2)#standard errors only[标准误差仅]


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注：
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