R语言 vegan包 indpower()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

indpower(vegan)
indpower()所属R语言包：vegan

                                        Indicator Power of Species
                                         指示灯电源的种类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Indicator power calculation of Halme et al.  (2009) or the congruence between indicator and target species.  
Halme等指标功率计算的。 （2009）指标和目标物种之间的一致性。


用法----------Usage----------


indpower(x, type = 0)



参数----------Arguments----------

参数：x
Community data frame or matrix.  
社区数据框或矩阵。


参数：type
The type of statistic to be returned. See Details for explanation.   
统计的类型被退回。请参阅详细解释。


Details

详细信息----------Details----------

Halme et al. (2009) described an index of indicator power defined as IP_I = sqrt(a*b), where a = S / O_I and b = 1 - (O_T - S) / (N - O_I).  N is the number of sites, S is the number of shared occurrences of the indicator (I) and the target (T) species. O_I and O_T are number of occurrences of the indicator and target species. The type argument in the function call enables to choose which statistic to return. type = 0 returns IP_I, type = 1 returns  a, type = 2 returns b. Total indicator power (TIP) of an indicator species is the column mean (without its own value, see examples).   Halme et al. (2009) explain how to calculate confidence intervals for these statistics, see Examples.
halme等。 （2009）描述了一个指标，指标权定义为IP_I = sqrt(a*b)a = S / O_I和b = 1 - (O_T - S) / (N - O_I)。 N是网站的数量，S共享出现的指标是多少（I）和目标（T）物种。 O_I和O_T出现的指标和目标物种的数量。 type在函数调用时的参数，可以选择返回的统计。 type = 0回报IP_I，type = 1回报a，type = 2返回b。总指示灯电源（TIP）的指示物种是列（不包括自身的价值，看到的例子）。 halme等。 （2009）解释了如何计算置信区间，这些统计信息，请参见示例。


值----------Value----------

A matrix with indicator species as rows and target species as columns (this is indicated by the first letters of the row/column names).
一个矩阵的行和列（行/列名的第一个字母表示）目标物种作为指示物种。


（作者）----------Author(s)----------


Peter Solymos



参考文献----------References----------

Ylisirni枚, A-L. 2009. Quantifying the indicator power of an indicator species. Conservation Biology 23: 1008–1016.

参见----------See Also----------

indval (package labdsv) for the indicator species analysis of Dufr锚ne & Legendre.  Function beals estimates individual cell probabilities
indval（包labdsv）的指示种分析的Dufrêne和勒让德。功能beals估计单个单元的概率


实例----------Examples----------


data(dune)
## IP values[＃IP值]
ip <- indpower(dune)
## and TIP values[＃TIP值]
diag(ip) <- NA
(TIP <- rowMeans(ip, na.rm=TRUE))

## p value calculation for a species[＃p值计算一个物种]
## from Halme et al. 2009[＃从Halme等。 2009]
## i is ID for the species[＃我是ID的物种]
i <- 1
fun <- function(x, i) indpower(x)[i,-i]
## 'c0' randomizes species occurrences[＃“C0”随机化的物种出现的]
os <- oecosimu(dune, fun, "c0", i=i, nsimul=99)
## get z values from oecosimu output[＃z值从oecosimu输出]
z <- os$oecosimu$z
## p-value[＃p值]
(p <- sum(z) / sqrt(length(z)))
## 'heterogeneity' measure[＃“异质性”措施]
(chi2 <- sum((z - mean(z))^2))
pchisq(chi2, df=length(z)-1)
## Halme et al.'s suggested output[＃Halme等人的建议的输出]
out <- c(TIP=TIP[i],
    significance=p,
    heterogeneity=chi2,
    minIP=min(fun(dune, i=i)),
    varIP=sd(fun(dune, i=i)^2))
out

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