bgdispersal(vegan)
bgdispersal()所属R语言包：vegan
Coefficients of Biogeographical Dispersal Direction
生物GEO扩散方向系数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function computes coefficients of dispersal direction between geographically connected areas, as defined by Legendre and Legendre (1984), and also described in Legendre and Legendre (1998,
该函数计算GEO上的连接区域之间的扩散方向的系数，Legendre和勒让德（1984）所定义的，并且Legendre和勒让德（1998年中描述的，
用法----------Usage----------
bgdispersal(mat, PAonly = FALSE, abc = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：mat
Data frame or matrix containing a community composition data table (species presence-absence or abundance data).
数据框或矩阵包含一个群落组成数据表（物种存在不存在或丰度数据）。
参数：PAonly
FALSE if the four types of coefficients, DD1 to DD4, are requested; TRUE if DD1 and DD2 only are sought (see Details).
FALSE四种类型的系数，DD1 DD4，要求，“TRUE如果DD1和DD2只寻求（见详情）。
参数：abc
If TRUE, return tables a, b and c used in DD1 and DD2.
如果TRUE，返回表a，b和cDD1和DD2使用。
Details
详细信息----------Details----------
The signs of the DD coefficients indicate the direction of dispersal, provided that the asymmetry is significant. A positive sign indicates dispersal from the first (row in DD tables) to the second region (column); a negative sign indicates the opposite. A McNemar test of asymmetry is computed from the presence-absence data to test the hypothesis of a significant asymmetry between the two areas under comparison.
的迹象的的DD系数表示的方向扩散，提供不对称显著。正号表示从第一个（在DD表行）分散到第二区域（列），负号表示相反。一个McNemar检验的不对称性存在不存在数据计算，以检验假设的一个显着的不对称性两个区域之间作比较。
In the input data table, the rows are sites or areas, the columns are taxa. Most often, the taxa are species, but the coefficients can be computed from genera or families as well. DD1 and DD2 only are computed for presence-absence data. The four types of coefficients are computed for quantitative data, which are converted to presence-absence for the computation of DD1 and DD2. PAonly = FALSE indicates that the four types of coefficients are requested. PAonly = TRUE if DD1
在输入数据表，行网站或区域中，列类群。大多数情况下，类群的物种，但属或家庭的系数，可以计算。 DD1和DD2计算存在不存在的数据。的四种类型的系数计算定量的数据，这些数据被转换DD1和DD2计算存在有无。 PAonly = FALSE表示的四种类型的系数要求。 PAonly = TRUE如果DD1
----------Value----------
Function bgdispersal returns a list containing the following matrices:
功能bgdispersal返回一个列表，其中包含下面的矩阵：
参数： DD1
DD1[j,k] = (a * (b - c))/((a + b + c)^2)
DD1[j,k] = (a * (b - c))/((a + b + c)^2)
参数： DD2
DD2[j,k] = (2*a * (b - c))/((2*a + b + c) * (a + b + c)) where a, b, and c have the same meaning as in the computation of binary similarity coefficients.
DD2[j,k] = (2*a * (b - c))/((2*a + b + c) * (a + b + c))其中a，b和c具有相同的含义二进制相似系数计算。
参数： DD3
DD3[j,k] = W*(A-B) / ((A+B-W)^2)
DD3 [J，K] =W*(A-B) / ((A+B-W)^2)
参数： DD4
DD4[j,k] = 2*W*(A-B) / ((A+B)*(A+B-W)) where W = sum(pmin(vector1, vector2)), A = sum(vector1), B = sum(vector2)
DD4 [J，K] =2*W*(A-B) / ((A+B)*(A+B-W)），其中W = sum(pmin(vector1, vector2))，A = sum(vector1)，B = sum(vector2)
参数： McNemar
McNemar chi-square statistic of asymmetry (Sokal and Rohlf 1995): 2*(b*log(b) + c*log(c) - (b+c)*log((b+c)/2)) / q where q = 1 + 1/(2*(b+c)) (Williams correction for continuity)
麦克尼马尔卡方统计量的不对称（索卡尔和罗尔夫1995年）：2*(b*log(b) + c*log(c) - (b+c)*log((b+c)/2)) / q其中q = 1 + 1/(2*(b+c))（威廉姆斯连续性校正）
参数： prob.McNemar
probabilities associated with McNemar statistics, chi-square test. H0: no asymmetry in (b-c).
概率与麦克尼马尔统计，卡方检验。 H0：没有不对称(b-c)。
注意----------Note----------
The function uses a more powerful alternative for the McNemar test than the classical formula. The classical formula was constructed in the spirit of Pearson's Chi-square, but the formula in this function was constructed in the spirit of Wilks Chi-square or the G statistic. Function mcnemar.test uses the classical formula. The new formula was introduced in vegan version 1.10-11, and the older implementations of bgdispersal used the
McNemar检验比传统的公式，该函数使用一个更强大的替代。经典公式构建了Pearson的卡方的精神，但在这个函数的公式，构建的精神的威尔克斯智方或G统计的。函数mcnemar.test使用的经典公式。新配方中引入vegan版本1.10-11，和旧的实现bgdispersal使用
（作者）----------Author(s)----------
Pierre Legendre, Departement de Sciences Biologiques,
Universite de Montreal
参考文献----------References----------
freshwater fishes in the Qu茅bec peninsula. Can. J. Fish. Aquat. Sci. <STRONG>41</STRONG>: 1781-1802.
English edition. Elsevier Science BV, Amsterdam.
practice of statistics in biological research. 3rd edn. W. H. Freeman, New York.
实例----------Examples----------
mat <- matrix(c(32,15,14,10,70,30,100,4,10,30,25,0,18,0,40,
0,0,20,0,0,0,0,4,0,30,20,0,0,0,0,25,74,42,1,45,89,5,16,16,20),
4, 10, byrow=TRUE)
bgdispersal(mat)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 15:03:51
