R语言 CGEN包 snp.list()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snp.list(CGEN)
snp.list()所属R语言包：CGEN

                                         List to describe the genotype data
                                         列出来形容基因型数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The list to describe the genotype data for snp.scan.logistic
列表来形容snp.scan.logistic基因型数据


格式----------Format----------

The format is: List of 7
格式是：7




file File to use. No default.
文件的文件使用。没有默认值。




file.type  1-8 (see details). The default is 2.
file.type 1-8（见详情）。默认是2。




delimiter  The delimiter used in file. The default is "\t" (a tab).
在file使用的分隔符分隔符。默认是“\ t”（制表符）。




in.miss Vector of values to denote the missing values in file.
filein.miss值向量表示缺少的值。




heter.codes  Vector of codes used for the heterozygous genotype. If NULL, then it is assumed that the heterozygous genotype  is of the form "AB", "Aa", "CT", ... etc, ie a 2-character string with different characters (case sensitive).
heter.codes用于杂合子基因型的代码的向量。如果为NULL，那么它被认为杂合子基因型的形式是“AB公司”，“AA”，“CT”的...等，即用不同的字符（区分大小写）2个字符的字符串。




id.var    (Only for file.type = 3, 4, 6, 8) The subject id variable.
id.var（仅适用于file.type= 3，4，6，8）主题id变量。




sas.list   See sas.list. The default is NULL.
sas.list见sas.list。默认值为NULL。


Details

详情----------Details----------

In this list, file must be specified.  If the SNPs are coded in the standard (0,1,2) coding, then set heter.codes to 1 (the heterozygous genotype). <br> <br> Types 1, 2, 5, 7 have data in the form: <br> <br>
在这份名单中，file必须指定。如果单核苷酸多态性在编码标准编码（0,1,2），然后设置heter.codes1（杂合子基因型）。参考参考Types 1, 2, 5, 7有表单中的数据：参考参考

The first row must contain the subject ids. Starting from row 2, the first delimited field must contain the SNP id. The remaining delimited fields contain the genotypes. Rows are SNPs, columns are the subjects.
第一行必须包含主体的ID。从第2行开始，第一分隔字段必须包含的SNP ID。其余分隔字段包含的基因型。行是个SNPs，列科目。

Type 1 An .rda file created with the save() command.
Type 1save()命令创建一个。RDA文件。“

Type 2 A flat file that is in the form of the example above.
Type 2在上面的例子的形式是一个平面文件。

Type 5 A file compressed with WinZip.
Type 5用WinZip压缩的文件。

Type 7 A file compressed with gzip.
Type 7用gzip压缩的文件。

Types 3, 4, 6, 8 have data of the form: <br> <br>
Types 3, 4, 6, 8形式的数据：参考参考

There must also be a column containing the subject ids  (see id.var) for these types.
还必须有一列载有主题的IDS（见id.var）这些类型。

Type 3 A flat file that is in the form of the example above.
Type 3在上面的例子的形式是一个平面文件。

Type 4 A SAS data set (see sas.list).
Type 4SAS数据集（见sas.list）。

Type 6 A file compressed with WinZip.
Type 6用WinZip压缩的文件。

Type 8 A file compressed with gzip.
Type 8用gzip压缩的文件。


举例----------Examples----------


# Suppose the genotype data is a tab-delimited, type 2 file: c:/temp/data/geno1.txt.[假设的基因型数据，是一个制表符分隔，类型2文件：C :/ temp/data/geno1.txt。]
#  Also assume the data has the trend coding 0, 1, 2 with NA as missing values.[还假设数据有遗漏值编码与Na 0，1，2的趋势。]
# The below list is for processing the file.[下面的列表是用于处理文件。]
## Not run: [＃无法运行：]
snp.list <- list(file="C:/temp/data/geno1.txt", delimiter="\t", file.type=2,
                 heter.codes=1, in.miss=NA)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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