R语言 CGEN包 chromosome.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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chromosome.plot(CGEN)
chromosome.plot()所属R语言包：CGEN

                                        Chromosome plot
                                         染色体图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a chromosome plot
创建染色体图


用法----------Usage----------


chromosome.plot(infile, plot.vars, locusMap.list, op=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：infile
Output file from snp.scan.logistic. No default.
输出文件从snp.scan.logistic。没有默认值。


参数：plot.vars
Character vector of the variables in infile to plot. These variables should p-values. No default.
infile图变量的特征向量。这些变量p值。没有默认值。


参数：locusMap.list
See locusMap.list. No default.  
看到locusMap.list。没有默认值。


参数：op
List of options (see details). The default is NULL.
选项的列表（见详情）。默认值为NULL。


Details

详情----------Details----------

Plots p-values on a minus log base 10 scale versus the locations of the SNPs on each chromosome.
图p值10负log碱基规模与每条染色体上的SNP的位置上。

Options list op: Below are the names for the options list op. All names have default values if they are not specified.
选项列表运算：下面是选项列表op的名称。如果它们没有被指定，所有的名字有默认值。

splitScreen 0 or 1 to split the plot into two seperate parts.  The default is 1.
splitScreen0或1分成两个独立的部分图。默认值是1。

yaxis.range Vector of length 2 to set the limits for the y-axis. The limits should be on the original scale. The default is NULL.
yaxis.range长度为2的向量为y轴设置的限制。应该是在原有规模的限制。默认值为NULL。

subset Vector of chromosomes to plot. The default is NULL.
subset染色体的矢量绘图。默认值为NULL。

colors Character vector of colors to use in the plot.  See colors for all possible colors. The default is NULL.
colors颜色特征向量使用中的图。看到colors所有可能的颜色。默认值为NULL。

pch Vector of plotting symbols to use. See points for the different plotting symbols. The default is that circles (pch = 21) will be plotted.
pch向量绘图符号使用。看到points不同图符号。默认是将绘制圆（PCH = 21）。


参见----------See Also----------

QQ.plot, locusMap.list
QQ.plot，locusMap.list


举例----------Examples----------


# Load the data containing the chromosomes and locations[加载数据含有染色体和地点]
data(LocusMapData, package="CGEN")

# For illustrative purposes, add some hypothetical p-values to x[仅供说明用途，添加一些假设的P-值对x]
set.seed(123)
LocusMapData[, "pvalue"] <- runif(nrow(LocusMapData))

# Define the input list locusMap.list[定义输入列表locusMap.list]
locusList <- list(snp.var="SNP", chrm.var="CHROMOSOME", loc.var="LOCATION")

# Create the plot[创建的图]
chromosome.plot(LocusMapData, "pvalue", locusList)


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