R语言 CellNOptR包 writeScaffold()函数中文帮助文档(中英文对照)

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writeScaffold(CellNOptR)
writeScaffold()所属R语言包：CellNOptR

                                         Writes the scaffold network to a sif file (with attributes) and to a dot file
                                         脚手架网络写入到SIF文件（属性）和一个点文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function writes a cityscape sif file for the scaffold network, with an associated edge attribute file that holds whether the edge is present at t1,t2 or not present at all and another associated edge attribute file that holds the weights of the edges. This function also writes a dot file that contains the same information (see writeDot for more information about the dot file conventions).
这个函数写的脚手架网络一个市容SIF文件，与相关的边缘属性文件包含的边缘是否是目前在T1，T2或根本不存在和其他相关的边缘属性文件包含的边的权重。此功能也写点文件包含相同的信息（见writeDot点文件约定的有关信息）。


用法----------Usage----------


writeScaffold(ModelComprExpanded, optimResT1, optimResT2, ModelOriginal, CNOlist)



参数----------Arguments----------

参数：ModelComprExpanded
The scaffold model (i.e. compressed and expanded)  
支架模型（即压缩和扩展）


参数：optimResT1
The results of the optimisation process at t1  
在t1的优化过程的结果


参数：optimResT2
The results of the optimisation process at t2 (set this to NA, the t2 optimisation is not implemented in this version).  
在T2的优化过程的结果（设置为NA，T2优化没有实现在这个版本）。


参数：ModelOriginal
The PKN model  
PKN模型


参数：CNOlist
The CNOlist on which the optimisation is based   
优化基于CNOlist的


Details

详情----------Details----------

By scaffold network we mean the network that is used as a basis for optimisation (i.e. a compressed and expanded network), therefore no map back of the weights is necessary here.
脚手架网络，我们的意思是，作为一个优化的基础上（即压缩和扩展网络）的网络，因此没有权重的图，在这里是必要的。

The weights of the edges are computed as the mean across models within the relative tolerance limits, as output in the results from the optimisation $StringsTol. Strings that are in $StringsTol are the ones that are within the relative tolerance limits around the best solution in the population across all generations of the optimisation.
边的权重，计算平均跨模型的相对容忍限度内，输出作为优化$StringsTol的结果。 $StringsTol字符串是那些围绕在人群中的最佳解决跨代优化所有的相对容忍限度之内。

!If there is no time 2, then the argument optimResT2 should be = NA.
如果没有时间，那么参数optimResT2应该是=不适用。


值----------Value----------

This function does not return anything, it writes a sif file and 2 edge attributes files, and a dot file, in your working directory.
此函数不返回任何东西，它写sif文件和2边的属性文件，一个点文件，在你的工作目录。


作者（S）----------Author(s)----------



C.Terfve




参见----------See Also----------

writeNetwork, writeDot
writeNetwork，writeDot


举例----------Examples----------


tmpdir<-tempdir()
setwd(tmpdir)

#load the data[加载数据]

data(CNOlistToy,package="CellNOptR")
data(ToyModel,package="CellNOptR")

#pre-process the model (partial)[前处理模型（部分）]

indicesToy<-indexFinder(CNOlistToy,ToyModel,verbose=TRUE)
ToyNCNOcutComp<-compressModel(ToyModel,indicesToy)
indicesToyNCNOcutComp<-indexFinder(CNOlistToy,ToyNCNOcutComp)
ToyNCNOcutCompExp<-expandGates(ToyNCNOcutComp)

#optimise[优化]

ToyFields4Sim<-prep4Sim(ToyNCNOcutCompExp)
initBstring<-rep(1,length(ToyNCNOcutCompExp$reacID))
ToyT1opt<-gaBinaryT1(
        CNOlist=CNOlistToy,
        Model=ToyNCNOcutCompExp,
        SimList=ToyFields4Sim,
        indexList=indicesToyNCNOcutComp,
        initBstring=initBstring,
        maxGens=3,
        PopSize=5,
        verbose=TRUE)

#write the network[写网络]

writeScaffold(
        ModelOriginal=ToyModel,
        ModelComprExpanded=ToyNCNOcutCompExp,
        optimResT1=ToyT1opt,
        optimResT2=NA,
        CNOlist=CNOlistToy)

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