R语言 CellNOptR包 readSif()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readSif(CellNOptR)
readSif()所属R语言包：CellNOptR

                                         Read a sif file and create a model object
                                         阅读SIF文件，并创建一个模型对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reads in a cityscape sif file and creates a model object that can be used in the CellNOptR procedure.
此功能读取市容SIF文件，并创建了一个模型对象，可以用于在CellNOptR过程。


用法----------Usage----------


readSif(sifFile)



参数----------Arguments----------

参数：sifFile
the name of a sif file  
sif文件的名称


Details

详情----------Details----------

This function takes in a single argument, sifFile, that points to a previous knowledge network in .sif format i.e. sourceNode-tab-sign-tab-targetNode. If there are ANDs they should be introduced as dummy nodes called and# (don't forget the number after "and" otherwise this won't be recognised).  Please be aware that "and" nodes are not expected to be negated, i.e. there are not supposed to be !and1=xyz because that amounts to inverting the sign of all inputs of and1, which is more simply done at the inputs level.
这个函数接受一个参数，sifFile，指出，在以前的知识网络。SIF格式，即sourceNode标签标志标签，targetNode。如果有与门，他们应引入虚拟称为节点（不要忘记后的数“，”否则，这将不被认可）。请注意，“和”节点预计不会被否定，即不应该是AND1 = XYZ颠倒AND1的投入，这是更简单的投入水平的标志，因为这金额。


值----------Value----------

a model list with fields:
与领域模型列表：


参数：interMat
contains a matrix with column for each reaction and a row for each species, with a -1 where the species is the source node and a +1 where the species is a target node, and 0 otherwise
包含了每个品种的每个反应和行与列的物种是在源节点和一个+1的物种是一个目标节点，否则为0与-1的矩阵，


参数：notMat
has the same format as interMat but just contains a 1 if the source node enters the reac with a negative effect, and 0 otherwise
作为INTERMAT有相同的格式，但只包含1，如果源节点进入负面影响的反应，否则为0。


参数：namesSpecies
vector that contains the names of the species in the same order as the rows of the interMat and notMat matrices
向量包含物种的名称在同一顺序的INTERMAT和notMat的矩阵的行


参数：reacID
vector that holds character strings specifying the reaction in full letters, in the same order as the columns of interMat and notMat
向量，包含指定字符串作为INTERMAT和notMat的列顺序相同的全字母的反应，


作者（S）----------Author(s)----------



C. Terfve




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


tmpdir<-tempdir()
setwd(tmpdir)
cpfile<-dir(system.file("ToyModel",package="CellNOptR"),full=TRUE)
file.copy(from=cpfile,to=getwd(),overwrite=TRUE)
ToyModel<-readSif(sifFile="ToyPKNMMB.sif")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。