R语言 VarEff包 InputTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

InputTest(VarEff)
InputTest()所属R语言包：VarEff

                                         Infile: Population simulated
                                         INFILE：人口模拟

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This dataset corresponds to a population simulated with a size of 1000 individuals that underwent a bottleneck 200 generations ago to become a population with effective size 100.
此数据集对应于模拟人口1000人，200代以前经历了一个瓶颈，成为人口与有效尺寸为100的大小。

The genetic data of this population are samples at 20 markers microsatellites.
这部分人群的遗传数据是在20标记的微样本。


格式----------Format----------

The format is:
其格式为：

num [1:240] 9 4 12 2 0 14 21 15 3 9 ...
民[1:240] 9 4 12 2 0 14 21 15 3 9 ...


Details

详细信息----------Details----------

The infile is called InputTest and it provides the microsatellite data at 20 markers of one population.
INFILE被称为InputTest，它提供了一个人口在20标记的微卫星数据。


INFILE格式----------Infile format----------

Each markers is describe by 2 lines and the alleles not present are mentionned by zero:
每个标记是描述线和等位基因不存在mentionned由零：

9 (number of alleles at the first locus)
9（在第一个位点的等位基因数）

4  12   2   0  14  21  15   3   9 (counts of number of alleles with the same length)
4 12 2 0 14 21 15 3 9（具有相同长度的等位基因数计数）

12 (number of alleles at second locus)
12（第二位点的等位基因数）

.
。

.
。

.
。

14 (number of alleles at last locus)
14（最后位点的等位基因数）

1   4   0   0   0  38  18   7   9   1   0   0   1   1 <br>
1 4 0 0 0 38 18 7 9 1 0 0 1 1 <BR>

It means that if you have a locus with 2 types of alleles of lengths 10 and 12 (number of motifs) you have to mention the unobserved allele the 11 repeat motifs!<br>
这意味着，如果你有一个位点与2种等位基因长度10和12（数字图案），就不得不提到未观测到的等位基因的11个重复序列！<BR>

So if the alleles 10 and 12 have frequencies 24 and 6 respectively, you have to describe the locus by:
因此，如果10和12等位基因的频率分别为24和6，你要描述的轨迹：

3
3

24 0 6 <br>
24 0 6 <BR>

This file is close to MSVAR file and you can convert a MSVAR file to VarEff file at the website https://qgp.jouy.inra.fr
这个文件是接近MSVAR文件和你可以转换MSVAR的文件，以VarEff文件在网站https://qgp.jouy.inra.fr的


源----------Source----------

This data is a simulated set obtained by the model DemoDivMs  from Nikolic and Chevalet. https://qgp.jouy.inra.fr
此数据是通过以下方式获得尼科利奇和Chevalet的模型DemoDivMs一个模拟集。 https://qgp.jouy.inra.fr


参考文献----------References----------


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。