R语言 CellNOptR包 makeCNOlist()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

makeCNOlist(CellNOptR)
makeCNOlist()所属R语言包：CellNOptR

                                         Make a CNOlist structure
                                         作出CNOlist结构

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes as input the output of readMIDAS and extracts the elements that are needed in a CNO project
此功能作为输入输出readMIDAS和提取中的CNO项目所需的元素


用法----------Usage----------


makeCNOlist(dataset, subfield)



参数----------Arguments----------

参数：dataset
output of readMIDAS  
输出的readMIDAS


参数：subfield
TRUE or FALSE, specifies if the column headers contain subfields or not i.e. if I should look for TR:sthg:sthg or just TR:sthg  
TRUE或FALSE，指定的列标题，如果包含子字段或不即如果我应该为TR：sthg：sthg或者只是创业：sthg


Details

详情----------Details----------

Be aware that most of the functions in this package, including this one, expect the data to contain measurements at time 0, but these should all be equal to zero according to the normalisation procedure that should be used. Therefore, if you have on time point, the files valueSignals contains two matrices, one for t0 and one for t1.
要知道，在这个包的功能，包括这一次，最期望的数据包含在测量时间为0，但这些都应该是等于零根据标准化的过程，应使用。因此，如果你有时间点上，的文件valueSignals包含两个矩阵，一个为T0和T1的。

I there are replicate rows in the MIDAS file (i.e. identical cues and identical time), this function averages the values of the measurements for these replicates.
我有在MIDAS文件复制行（即相同的线索和时间相同），这个函数的平均值，这些重复的测量值。


值----------Value----------

a CNOlist with fields
一个领域CNOlist，


参数：namesCues
a vector of names of cues
一个线索名字的向量


参数：namesStimuli
a vector of names of stimuli
一个刺激名字的向量


参数：namesInhibitors
a vector of names of inhibitors
抑制剂的名字向量


参数：namesSignals
a vector of names of signals
信号名称的向量


参数：timeSignals
a vector of times
一个时代的向量


参数：valueCues
a matrix of dimensions nConditions x nCues, with 0 or 1 if the cue is present or absent in the particular condition
一维的的矩阵nConditions x nCues，0或1，如果提示是现在或在特定条件下的缺席


参数：valueInhibitors
a matrix of dimensions nConditions x nInhibitors, with 0 or 1 if the inhibitor is present or absent in the particular condition
一维的的矩阵nConditions x nInhibitors，0或1，如果抑制剂是目前或在特定条件下的缺席


参数：valueStimuli
of dimensions nConditions x nStimuli, with 0 or 1 if the stimuli is present or absent in the particular condition
尺寸nConditions x nStimuli的，用0或1，如果是刺激目前或在特定条件下的缺席


参数：valueSignals
a list of the same length as timeSignals, each element containing a matrix of dimensions nConditions x nsignals, with the measurements.
相同长度作为timeSignals的列表，每个元素包含一个维度的矩阵nConditions x nsignals，与测量。


作者（S）----------Author(s)----------



C. Terfve




参考文献----------References----------

mammalian signal transduction, Molecular Systems Biology, 5:331, 2009.

参见----------See Also----------

readMIDAS
readMIDAS


举例----------Examples----------


tmpdir<-tempdir()
setwd(tmpdir)
cpfile<-dir(system.file("ToyModel",package="CellNOptR"),full=TRUE)
file.copy(from=cpfile,to=getwd(),overwrite=TRUE)
dataToy<-readMIDAS(MIDASfile='ToyDataMMB.csv')
CNOlistToy<-makeCNOlist(dataset=dataToy,subfield=FALSE)

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